大军进攻
江宁(今
江苏南京),彭毓橘与诸将分路攻克
丹阳镇、
秣陵关诸要隘,平敌营数十,进攻
雨花台石城,敌军死守不下。
李秀成率众来援,大营被围。彭毓橘染上
瘟疫,力战破敌。解围后,彭毓橘与
刘连捷援救江北,和水师连续收复
江浦、
和州、
含山、
巢县四城,江北大定。削平江宁附近诸敌营,彭毓橘功劳显著。湘军从龙膊子地道攻入江宁,彭毓橘负责监督湘军军冲入城中,手刃后退的人。论功,以
布政使记名,予一等
轻车都尉世职。
同治六年(1867),大军至
蕲水,彭毓橘率小队数百人,周览地势,至麒麟凹,捻军大至,被围,战至全军覆没。彭毓橘马陷泥淖,被捉,骂贼被害。事迹上报清廷,下诏按布政使阵亡例
议恤,建专祠,赠
内阁学士,谥忠壮,加
骑都尉世职,并为三等
男爵。