张芝元（？~1792），四川清溪（今属四川省雅安市汉源县）人，清朝名将。

智灭番僧

以千总跟随副将军明亮征大小金川有功，积官至越巂营参将。金川土司以番僧刺探军情，张芝元对明亮说：“军事每为贼知，非去其谍，灭贼无日矣。”正逢大风雪，明亮命张芝元率数十人伪装他事外出，住宿在番僧寺中。张芝元假装精通番语，与番僧饮甚欢，番僧醉眠，张芝元出寺聚柴焚之，僧皆死。贼谍断，因招降其众。

乾隆四十一年（1776），大小金川平。作为宋元俊部将的张芝元向阿桂请求，谓宋元俊有功无罪，只是因为得罪专阃罗织罪名，语甚切。阿桂上书疏请，赦免了宋元俊的儿子。

不久，跟随成都将军特成额驻兵江卡，捕捉夹坝，围本肯贼寨，焚其碉，毙贼甚众，擢懋功协副将。

镇压林爽文起义

台湾爆发林爽文起义，张芝元率屯练降番助剿。参赞海兰察等分攻大埔林、中林、大埔尾三庄，张芝元为策应。贼据小半天山，将军福康安等自前山进，张芝元与领队大臣普尔普领兵别为一队，夜半先发，绕大山夹攻贼后。黎明，诸军同抵山麓，攀援上，贼力拒，张芝元率先登城，拔其栅，斩获无算，并堵贼去路。未几，林爽文就擒。台湾平，擢建昌镇总兵，图形紫光阁，列前二十功臣。寻调松潘镇总兵。

屡败廓尔喀

廓尔喀（今尼泊尔）掠夺西藏济咙（今西藏吉隆县东南）、聂拉木，乾隆帝命张芝元率屯练降番往讨之。张芝元至，值大雪，山谷皆满。张芝元手大刀指挥，士卒皆感激用命，贼败走。

廓尔喀再叛，张芝元偕提督成德督兵攻聂拉木，守拍甲岭隘口断贼增援，聂拉木遂下。乘胜攻克济咙，贼惧，乞降。未几，卒。

乾隆五十八年（1793），论平定廓尔喀功，再图形紫光阁，列后十五功臣。

乾隆帝：金川随征，超熊罴旅，兹领番兵，以通番语，贼属生缚，贼路严御。卒获生俘，厥功允巨。

张芝元少以小校事宋元俊，后乃为宋元俊雪冤。人以是多张芝元，亦益宋贤元俊能知人也。