1544年-1945年这里是普鲁士以及后来的德国主要的学术中心之一，培养了
伊曼努尔·康德，古斯塔夫·基尔霍夫，阿诺·索末菲等享誉世界的学术大家。
1945年，第二次世界大战结束，德国战败，根据《波茨坦公告》柯尼斯堡划归苏联所有，1946年为纪念刚逝世的
苏联最高苏维埃主席团主席米哈伊尔·伊万诺维奇·加里宁，柯尼斯堡更名为加里宁格勒。1947年苏联在柯尼斯堡大学的原址上建立了加里宁格勒国立教育研究所，1966年更名为
加里宁格勒国立大学，2005年，根据
俄罗斯联邦政府法令更名为康德
俄罗斯国立大学。截至2005年，该大学拥有大约12800名学生，580名教职员工。
2011年初经俄罗斯教育部批准，总统
梅德韦杰夫签发命令，将康德国立大学升级联邦级别大学，更名为康德波罗的海联邦大学，成为俄罗斯九所联邦大学之一。并在2013年进入（类似中国985大学计划），获得俄罗斯联邦教育部财政重点支持。
康德波罗的海联邦大学位于俄罗斯西部地区的中心加里宁格勒市，是俄罗斯联邦西北区高等教育和研究中心之一。所在城市加里宁格勒州是俄罗斯联邦最小的州，它位于俄罗斯的最西边，有着与其它地区相比独特的地理状况。加里宁格勒州南邻波兰，东北部和东部与立陶宛接壤，与俄罗斯本土不相邻，是一块飞地。从加里宁格勒到华沙、布拉格距离为400公里，到柏林、哥本哈根、斯德哥尔摩的距离均在600公里内。