庇护九世，原名马斯塔伊-费雷提（Giovanni Maria Mastai-Ferretti）。出身于意大利贵族家庭，1819年任神父，1823年升任教廷驻智利公使秘书，1827年担任教廷辖区斯波莱托总主教。是最后一任兼任世俗君主的教皇。坚持自己的教皇的世俗权力。

1819年任神父，1823年升任教廷驻智利公使秘书，1827年担任教廷辖区斯波莱托总主教，初露头角。1840年被立为枢机主教，1846年教皇格列高利十六世去世，当时他声望还不高，但枢机主教团经过两天的秘密会议，就决定推他为教皇，他是至今在位最久的教皇，1846年到1878年间领导教廷32年。也是最后一任兼任世俗君主的教皇。坚持自己的教皇的世俗权力。

1848年，欧洲爆发自由主义革命，其首先发起地点为意大利的西西里岛，而波及的国家几乎涵盖全欧洲，仅俄国、西班牙及北欧少数国家未受影响。1848年11月15日，教皇国司法大臣佩雷里诺·罗西（Pellegrino Rossi）被暗杀，次日罗马市民走上街头游行，要求教皇国实行社会改革、指定民主政府、以及对奥地利宣战。11月24日晚，教皇庇护九世化装为普通神父逃离罗马，前往两西西里王国避难。教廷主教卡洛·穆扎雷利（Carlo Emanuele Muzzarelli）组成了留守政府，随后颁布了一些自由化的新法令，教皇因此拒绝承认该政府，并在流亡地组建了新政府。

为了将教皇迎回罗马，罗马市长组成了一个代表团，前往教皇避难地加埃塔城堡，但教皇拒绝返回罗马。罗马城中首次出现了没有政府的情况，因此市民在1849年1月21日举行了首届自由选举，以组成制宪会议，年满21岁的男性都可以投票。2月8日，制宪会议宣布成立罗马共和国，以三人执政委员会为元首，教皇仅保留宗教领袖的地位。罗马共和国的宪法宣布宗教自由，给予犹太人平等地位，废除死刑，还取消重税、新增工作职位。意大利爱国者及军人朱塞佩·加里波第组织了一支名为“意大利军团”的志愿军，成为罗马共和国的武装部队。教皇向天主教国家求救，法国总统路易·波拿巴遂联合奥地利帝国出兵干涉。6月29日，法军进入罗马城。

庇护九世法奥军队此后继续追击加里波第军团，迫使加里波第率众前往圣马力诺避难，并将其军队解散。庇护九世在1850年4月重返罗马。法国军队驻扎在罗马城中，以保护教皇。此役后，意大利的民族主义者——既包括撒丁王国和萨伏伊王室为核心的君主主义者，也包括众多的共和主义者——将教皇国视为意大利统一的绊脚石。法皇拿破仑三世则将教皇国作为其插手干涉意大利事务的筹码，一方面支持撒丁王国统一意大利，一方面则继续扶植和保护教皇国政权。

1859年第二次意大利独立战争后，撒丁王国从奥地利手中收复了伦巴底地区，加里波第则在两西西里王国发动革命，推翻了波旁家族的君主。加里波第试图在南意大利建立了共和国，但是撒丁王国请求法国出兵，将意大利南部纳入自己的版图。在得到法国的允许后，撒丁军队于1860年挥师南下，先在当地居民的配合下征服了教皇国东部三分之二的领土，随后进入两西西里王国。当年年底，这些被征服的领土都被撒丁王国正式吞并，统一的意大利王国正式诞生。此时教皇国仅剩下了以罗马城和拉齐奥地区为中心的三分之一领土。1861年3月，意大利王国宣布罗马为新首都。但是由于法国驻军的存在，意大利无法收复罗马城。

1870年普法战争爆发，驻扎在罗马的法国军队撤回国内。意大利国王维克托·伊曼纽尔二世不必再顾忌法国的威胁，将教皇国纳入意大利版图的时机已经到来。他先派特使向教皇庇护九世送去密信，并提出了一个保全教廷脸面的解决方案：意大利军队以“保护教皇”的名义和平进驻罗马城。但是这个提议被教皇拒绝，因此意大利于1870年9月10日对教皇国宣战。意大利军队在9月11日越过边界，缓慢地向罗马城推进。进军速度非常缓慢，以等待外交协调解决的可能。

虽然教皇国仅拥有一支为数甚微的军队，但庇护九世还是下令进行抵抗，以造成这样的法理事实，即教皇国是被意大利以武力入侵、而非和平接管所征服的。9月19日，意军包围了罗马城。1870年9月20日，经过3个小时的炮轰，意军在罗马城的奥利留城墙上轰塌了一个缺口，随后进入了罗马城，在阿庇亚大道上举行了盛大的入城式，教皇国灭亡。此后，经过公民投票，罗马城和拉齐奥地区并入意大利，意大利王国的首都旋即从佛罗伦萨迁到了罗马。49名意大利士兵和19名教皇国士兵在这场战役中丧生。此后的教皇避居梵蒂冈，直到1929年教皇与意大利签订条约，梵蒂冈正式成为主权国家。