广州铁路运输中级法院于1980年10月重新组建，1982年5月1日开始正式办案。2012年，广州铁路运输中级法院由铁路系统转制移交广东省实行属地管理，列为省直单位，由省财政保障。广州铁路运输中级法院在广东省委、省法院党组领导下依法独立行使审判权，接受省法院的业务监督和指导，由省法院代为向省人民代表大会及其常务委员会报告工作。
广州铁路运输中级法院下辖广东省内广州铁路运输法院和湖南省内怀化、长沙、衡阳铁路运输法院（其中湖南三个基层法院人财物由湖南省高院统管）。全院现有政法编83名，劳动合同制司法辅助人员控制数45名，法官员额31名。
广州铁路运输中级法院现设有10个正处级内设机构：（一）审判业务部门6个：立案庭、速裁庭、行政庭、综合审判庭、审判监督庭（赔偿委员会办公室、审判管理办公室）、执行局。 （二）综合保障部门4个：办公室、政治部（与纪检监察室合署办公）、研究室、法警支队。
2012年6月，广铁中院转制移交广东省之后，实现“人、财、物”的省级直管，司法管辖范围包括粤、湘、琼三省境内铁路沿线及设施设备所涉铁路运输的刑事、民事案件。2013年11月后，根据广东省高级人民法院指定，广铁两级法院集中管辖广州市区域内公路运输、地铁、城轨、航空运输等“大交通”民商事案件。2015年3月，经最高法院批准，广铁两级法院开展广州市区域内行政案件集中管辖改革试点，并于2016年1月开始正式管辖广州市行政案件。2020年开始，管辖省法院指定由省纪委监委侦办的部分重大职务犯罪案件，2020年5月，探索推行行政案件速裁改革。2021年1月，广铁两级法院开始管辖广州市区域内民航、港口、水运、海事领域“大交通”刑事案件。2022年5月，成立“广州行政争议调解中心”。广铁中院审判业务涵盖刑事、民事、行政三大审判，其中行政案件约占案件总量的85%以上。位于广州市番禺区石浦大道北33号的新审判业务大楼已于2023年11月正式启用。
因工作成绩突出，近年来，广州铁路运输中级法院共荣立集体二等功3次、集体三等功5次、全省争当排头兵专项二等功1次。先后涌现出全国法院办案标兵、全国法院行政审判工作先进个人、全国法院先进集体、依法治省先进单位等先进典型。2020、2021年连续获广东省高院授予“学术论文组织工作先进单位”奖。
2020年1月，最高人民法院授予广州铁路运输中级法院行政审判庭“
全国法院先进集体”称号。