广东省科学院微生物研究所是具有热带亚热带区域特色与优势的微生物学专业科研机构。

1964年，经中华人民共和国国家科学技术委员会批准，广东省科学院微生物研究所的前身中国科学院中南真菌研究室成立。

1972年，改为广东省微生物研究所。

1978年，划归广东省科学院。

1987年，依托研究所建设的广东省菌种保藏与应用重点实验室成立。

1999年，经广东省编办批准，成立广东省微生物分析检测中心，与广东省微生物研究所合署办公。

2009年，华南应用微生物国家重点实验室成立。

2018年11月20日，由广东省微生物研究所牵头的国家微生物种业产业技术创新战略联盟在广州揭牌。

2021年1月13日，经广东省事业单位登记管理局核准，更名为广东省科学院微生物研究所（广东省微生物分析检测中心）。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所拥有员工446人，在读博士和硕士研究生166人，在站博士后13人。其中专业技术人员414人，博士101人，硕士110人。具有正高级职称30人，副高级职称33人。

中国工程院院士（专职）：吴清平

国务院政府特殊津贴专家获得者：朱红惠、许玫英

国家自然科学基金优秀青年基金获得者：陈谋通

广东省自然科学杰出青年基金获奖者：陈谋通、薛亮

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所依托研究所建成了1个国家重点实验室、2个国家级研究中心等一大批国家和省部级科技创新平台以及华南地区最大（全国第二大）的大型真菌标本馆等，同时，研究所也是国家微生物种业产业技术创新战略联盟理事长单位、中国食品科学技术学会副理事长单位、中国食用菌协会副会长单位，是广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心的挂靠单位。

国家重点实验室：华南应用微生物国家重点实验室

国家级研究中心：国家广州化学品生态环境安全评价服务中心、国家生物产业基地公共实验中心

广东省保藏中心：广东省微生物菌种保藏中心

广东省重点实验室：广东省菌种保藏与应用重点实验室、广东省微生物安全与健康重点实验室

广东省公共实验室：广东省微生物应用新技术公共实验室

广东省技术研究中心：广东省微生物芯片工程技术研究中心、广东省环境微生物工程技术研究中心、广东省抗微生物材料与抗菌检测工程技术研究中心、广东省微生物资源工程技术研究中心、广东省饮用水安全应急技术研究中心

截至2021年8月，广东省科学院微生物研究所拥有液相色谱—超高分辨蛋白鉴定质谱联用系统Q Exactive Plus（德国Thermo）、液相色谱串联四级杆高分辨质谱联用仪 Q Exactive Focus（德国Thermo）、气质联用仪7890B-5977B（美国Agilent）、超高压液相色谱仪WATERS H-CLASS（新加坡Waters）、 离子色谱仪DIONEX ICS-6000（墨西哥Thermo）、蛋白纯化仪GE/AKTA start（瑞典GE）、气相色谱仪GC-2010Plus（日本SHIMADZU）等色谱类分析仪器。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所下属华南应用微生物国家重点实验室拥有10万元以上各类仪器设备261台套，原值1.17亿元，其中30万元以上设备127台套，原值9176万元，包括液相色谱-超高分辨蛋白鉴定质谱联用系统（Thermo QE Plus）、液相色谱串联四极杆高分辨质谱联用仪（Thermo QE Fucus）、高通量基因测序仪（Illumina Nextseq 550、Illumina Miseq等）、细胞能量代谢分析仪、流式细胞仪、透射电子显微镜、扫描电子显微镜、激光共聚焦显微镜、原子力显微镜、分子相互作用仪、数字PCR系统、微生物电解呼吸仪、气相色谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、高速冷冻离心机、全自动微生物鉴定系统等。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所电镜室拥有配置透射电子显微镜1台、扫描电子显微镜1台及其配套的冷冻干燥机和离子溅射仪。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所图书情报室拥有中、外文期刊近100种；先后订购了CA、Enviroline、FSTA、EMBASE等4个Dialog、网络版）数据库。

2021年10月22日，深圳大学与广东省科学院微生物研究所合作签约仪式在粤海校区举行。

2023年7月25日，广东省科学院微生物研究所（广东省微生物分析检测中心）与TÜV奥地利集团TÜV奥地利OK Compost认证测试机构授牌暨签约仪式”在研究所举行。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所从1978年以来，在科技成果方面，共取得科技鉴定成果176项，其中国际先进、领先水平的67项；获得国家及省部级成果奖101项，其中国家级成果奖6项、省部级一等奖12项；在专利申请方面，共申请专利287件，其中发明专利275件，授权专利162件，其中发明专利150件。在中国国内外核心学术刊物发表论文1700多篇，出版科技专著35部。特别是2010年以来，研究所在中国国内外学术刊物发表科研论文461篇，其中SCI和EI收录共152篇，其中研究所研究员许玫英以共同第一作者身份在影响因子（IF）为17.949的国际学术期刊上《Ecology Letter》发表的学术论文，在同行引起关注；申请专利122件，其中申请发明专利117件，实用新型5件；授权专利86件，其中授权发明专利81件。

在研究所传统优势学科—大型真菌分类方面，实验室先后获得了4项省部级一等奖，6项省部级二等奖，特别是2008年的“中国华南及邻区森林大型真菌多样性研究及其应用”获得广东省科学技术一等奖，该成果依据生物学的系统分类学、生态学和资源学原理和方法，阐明了华南及邻区森林大型真菌种类、形态特征、种类组成及分布特点；采集标本近6万号，描述华南及邻区森林大型真菌2纲26目63科290属2360余种；发现新物种165个、新组合106种、新记录种736个；收集菌株2000株，驯化食用菌16种；创建了系统可行的经济真菌资源调查研究与开发利用平台；为真菌资源储备和研究提供了丰富的数据和创新材料；是中国近十年来生物资源本底调查的一项重大成果。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所（广东省微生物分析检测中心）于1999年通过计量认证（CMA），具有独立法人地位和第三方实验室地位。2004年通过中国实验室国家认可委员会（CNAL）认可，检测数据可获得国际互认，成为可为社会提供用于贸易出证、产品质量评价、成果鉴定的公证数据的合法检测机构，具有法律效力。2000年经广东省质量技术监督局批准，在广东省微生物研究所下设广东省质量监督食用菌检验站，2002年首次通过广东省计量认证，承担广东省质量技术监督局委托的食用菌监督抽检任务。

广东省科学院微生物研究所于80年代初开始招收和培养研究生，已有30多年研究生培养经验。2005年研究所和华南理工大学联合申报微生物学博士点获得成功，已建立起较完善的包括研究生教育的人才培养和引进机制，逐步形成层次分明、结构合理、创新能力较强的人才队伍，近十年来共培养了硕士研究生124名，博士研究生51名。

据2024年1月研究所官网数据，广东省科学院微生物研究所拥有博士生导师6名，硕士生导师32名；在读博士和硕士研究生90人；研究所先后与中国科学院华南植物园、中国科学院广州化学研究所、上海交通大学、华南理工大学、合肥工业大学、广东工业大学、暨南大学、华南农业大学、江西农业大学、西南大学、江南大学、陕西科技大学等科研院所和高校联合培养研究生。

广东省科学院微生物研究所所徽是该所英文简称“GIM”的变形，整个标志给人以深厚历史底蕴的视觉感受。统一的标准色为研究所专有蓝色，体现微生物的魅力。标志的五菱形设计即具有庄重典雅的基础，又展示科技领先的志向，传达拼搏进取、蓬勃向上的院所精神状态。

释义：人本是指“以人为本”。其核心是尊重人、激发人的潜能，其着眼点在于满足人的合理需要，从而进一步调动人的积极性。创新是根据现实的变化不断推陈出新，找到解决问题的更好办法，永不自满，永不停步。创新是发展的根本，是提高核心竞争力的源泉。团结是上下之间同心同德，是部门之间密切协作，是员工与组织共同发展，是创造现代文明的动力。奉献是责任的体现，是科研工作者的原始精神，更是个人和组织共同发展的需要。

振兴中华的爱国主义精神：爱国主义精神就是祖国利益、民族尊严高于一切的志气和情操，是实现中华民族独立富强、立于世界民族之林的力量源泉。

团结友爱的集体主义精神：同甘共苦、和衷共济、顾全大局是中华民族的光荣传统，是组织全体职工群策群力、同心同德办好科研院所的行为规范。

爱所如家的主人翁精神：主人翁精神是科研院所精神的实质和核心。要树立主人翁精神，就是要想主人事、说主人话、干主人活、尽主人责。要使职工发扬主人翁精神，必须做到权利与义务的统一。

爱岗敬业的奉献精神：奉献精神就是为祖国的社会主义事业、科学事业，为所的发展奉献一切。

艰苦奋斗的创业精神：提倡艰苦奋斗的创业精神，就是不怕困难，不畏艰险、顽强斗争、奋发图强、自力更生、勤俭朴素、厉行节约等。

开拓进取的创新精神：就是不满足于现状，不墨守成规，敢于同旧观念作顽强的斗争，敢于走别人没走过的路。

奋力拼搏的竞争精神：竞争是市场经济发展的必然要求。树立竞争精神，就是要不甘落后，勇于进取，攀登高峰。

尊重职工的民主精神：研究所的态度是“尊重科学、发扬民主”。

尊重科学的求实精神：就是贯彻实事求是的思想路线，以严肃认真的科学态度搞好各项工作。

全心全意的服务精神：全心全意为用户服务，可以塑造美好的科研所形象，提高信誉。

2023年6月7日，广东省科学院微生物所开展“重温销烟战史汲取奋进力量”主题教育践学暨迎“七一”红色教育活动。