2006年8月21日，广东省编办《关于成立东江、北江流域管理机构的函》，同意成立广东省东江流域管理局，正处级单位，由广东省水利厅管理。2007 年1月26日，广东省东江流域管理局在惠州正式挂牌成立。2009年2月12日，省编办《关于省水利厅所属事业单位分类改革方案的函》，确定广东省东江流域管理局作为省水利厅执行机构为行政类事业单位，正处级。

1、负责组织实施省政府东江分水方案；

2、负责编制流域综合规划和流域水资源保护、治涝、供水等与水利有关的专业规划并实施监督；

3、负责协调东江流域区域和行业之间的水事关系；4、负责核定东江干流及其三角洲河道和其他河道水域的纳污能力，并对水功能区的水质状况进行监测；

5、负责审核东江干流及其三角洲河道管理范围内新建、改建、扩建排污口等；

6、负责对东江流域水资源、防洪、水土保持、河道（含采砂）等有关法律法规的执行情况实施监督检查，查处违法行为；承担东江流域重大涉水违法事件的查处，协调跨地级以上市水事纠纷；指导区域水行政执法；受省水利厅委托代征相关水资源费。

7、承担省流域管理委员会和省水利厅交办的其他事项。

办公室（与党委办合署）

负责组织、协调局机关的日常工作；负责文秘、档案、保密、保卫、宣传、会议组织、信访、接待、后勤服务工作；负责局机关内部规章制度建设；负责局机关党务、纪检、监察、统战、工会、工青妇具体工作。

计划财务（审计）科

负责局财务预算规划和年度计划，负责局部门预算的编制和执行；负责局日常会计核算和资金收支管理；负责局政府采购工作；负责局项目建设资金使用的监督和管理；负责资产管理、内部审计和财务统计工作；参与工程、科研及技术改造项目的立项、申报和招标概（预）算审查以及竣工验收、审计等工作。

人事科

负责局人事、劳动工资、职工教育、外事、社保、计划生育、退休人员管理等工作。

建设与管理科

负责局工程项目的建设与管理工作；负责东江干流及其三角洲河道管理范围内新建、改建、扩建排污口的审核；负责局“三防”具体工作，协助制订防洪预案并监督实施；负责组织审查东江流域水工程可行性研究报告；负责东江流域内省管河道采砂管理监督工作；负责局科技创新工作；负责局安全生产管理工作。

水资源管理科

负责组织编制东江流域综合规划和流域水资源保护、治涝、供水等与水利有关的专业规划并实施监督；负责组织编制流域水资源配置方案并实施监督；负责组织制订年度水量调度计划和应急水量调度预案并实施监督，协助组织实施向流域内、外调水的水量分配；负责组织开展流域水资源保护工作，监督实施流域水功能区划，核定东江干流域及其三角洲河道管理范围内水域的纳污能力；负责东江流域水资源监控中心建设，负责推进流域管理信息化工作；协助拟定东江流域水资源管理的规范性文件并监督实施。

省水利厅水利水政监察局东江分局

对东江流域片水资源、防洪、水利工程、水土保持、河道（含采砂）等有关法律法规的执行情况进行监督检查。负责查处法律法规规定的由流域机构办理的水事违法案件。协助查处本省范围内跨流域的水事违法案件。调解东江流域片跨地级以上市行政区域的水事纠纷，协助调解跨流域片的水事纠纷。负责查处东江流域片发生的造成重大社会影响或中央、省级媒体披露以及地方水政监察机构请求办理的重大水事案件。组织东江流域片水政联合执法行动，参与上级组织开展的专项联合执法行动。指导、监督、协调东江流域片水政监察工作。受厅委托代征水资源费等水行政规费。承办上级和领导交办的案件及事项。

2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号。

2021年5月28日，被水利部表彰为“全面推行河长制湖长制工作先进集体”。

2022年1月，荣获“全国水旱灾害防御工作先进集体”称号。