山东大学环境研究院组建于2003年11月，是学校直属的科研与研究生培养的独立单位。由我国著名环境科学专家、
中国工程院院士王文兴教授担任院长。
学科建设一直是环境研究院的工作重点之一。现设有环境科学与工程一级学科博士学位授权点，环境化学、环境生物学两个二级学科博士学位授权点。主要研究方向有：环境化学、环境毒理、环境生物、环境生态和环境热工。
人才是研究院的第一资源，研究院非常重视优秀人才的引进与培养，不但引进国内外知名学者，还努力培养自己的学术带头人。为了加大人才培养力度，研究院经常有计划、有重点地选拔青年学术带头人和优秀青年骨干教师出国出境学习与深造。研究院现有院士1人，双聘院士1人，教育部新世纪优秀人才1人，流动岗特聘教师3人，副教授2人，讲师8人，工程师2人。现有研究生33人，博士研究生6人，硕士研究生27人。
环境研究院环境生态课题组的学科建设和发展自建院以来就一直受到院里的重视，利用新科学优势，积极创新，取得了跨越式进展。经过7年多的建设和发展，现已形成一个以中青年科学家为骨干力量，富有创新和协作精神，团结和谐，充满蓬勃朝气的科研团队。现有教授1人，副教授2人，讲师2人，博士研究生6人，硕士研究生10人。在211和
985工程支持下，积极承担或参加国家十一五科技支撑计划、国家重点基础研究发展计划(973计划)、
国家自然科学基金、山东省自然科学基金、山东省优秀中青年科学家奖励基金、山东省环境保护科技计划重点项目、山东省中长期科学和技术发展规划等课题，构建完善课题组的学科建设和研究生培养体系，已培养出四届高素质的环境生态学专业人才，完善了实验室仪器设备。
环境生态课题组致力于环境生态学方面的热点和前沿问题研究，现已形成了生物多样性、湿地生态恢复、土壤微生物生态、生物入侵、土壤污染防治等为主攻方向的特色学科发展体系，在诸多领域取得了一系列重要的研究成果。注重加强与国内外交流与合作，与
德国柏林工业大学、
中国环境科学研究院、中国科学院生态环境研究中心、中国科学院植物研究所、中国科学院城市环境研究所、南开大学、济南大学等多家单位建立了良好的合作关系。课题组现有博士生导师1人，硕士生导师4人，以培养研究生为主，培养富有创造力的优秀人才为主要目标。每年招收博士生1-2人，硕士生6-8人。
环境研究院的实验室建设也是本着严要求、高起点的思路运作。实验室现拥有离子色谱、原子吸收、多级气溶胶采样仪、DIONEX GP-IC、
倒置荧光显微镜、傅立叶红外光谱仪等先进大型仪器20余台。研究院承担了多项国家级和
省部级科研项目，其中包括：“973”项目、国家自然科学基金、新世纪优秀人才支持计划、山东省优秀中青年科学家科研奖励基金等。
环境研究院注重加强对外合作，包括研究生的联合培养、教师的进修、科研项目合作等。与香港理工大学、
美国北卡罗来纳大学等著名学府都有着良好的学术交流、项目合作的关系；与中国环境科学研究院、中科院生态环境研究中心、中科院大气物理所、北京大学、清华大学、复旦大学等单位也都建立了良好的合作关系。