小孢癣菌是一种裸囊菌科的皮肤真菌，可外用发癣退（tolnaftate）或咪唑。

小孢癣菌（学名：Microsporum）是子囊菌门下的一属，与毛癣菌属、表皮癣菌属同为皮肤真菌，在皮肤及毛发造成皮肤感染。

小孢癣菌可产生大分生孢子（Macroconidia）及小分生孢子（microconidia），大分生孢子呈透明状、梭形且有隔板（septum），大小约为7-20乘30-160微米，并在细胞壁上有小刺或疣状突起，呈凹凸不平，这些特征也是鉴定物种差别的重要依据之一。小分生孢子也是透明的，呈棍状或梨形，表面光滑，大小约为2.5-3.5乘4-7微米，数量较大分生孢子为少。

小孢癣菌与毛癣菌分别的主要的依据是表面粗糙的大分生孢子，虽然这种特征有时较难观察。小孢癣菌属下已有17种物种被鉴定出。

小孢癣菌会对皮肤及毛发造成感染，不同于毛癣菌及表皮癣菌，小孢癣菌不会感染指甲。小孢癣菌的致病因子与表皮癣菌相似，不同的是其感染来源可能来自动物，近年来从猫、狗等宠物身上分离出的菌种多半都属于小孢癣菌属。小孢癣菌对毛发有高度感染力，为造成头癣的主要病原菌。

小孢癣菌的诊断方法和毛癣菌及表皮癣菌相似，可用热氢氧化钾处理毛发，将人体组织的蛋白质水解，留下耐碱的大分生孢子来鉴定。头癣则可使用伍氏灯的紫外线激发萤光来诊断。治疗方法也和两属相似，可外用发癣退（tolnaftate）或咪唑。

界：真菌界 Fungi

门：子囊菌门 Ascomycota

纲：散囊菌纲 Eurotiomycetes

目：爪甲团囊菌目 Onygenales

科：裸囊菌科 Arthrodermataceae

属：小孢癣菌 Microsporum

种：Microsporum amazonicum

Microsporum audouinii

Microsporum boullardii

犬小芽胞菌 Microsporum canis

Microsporum canis var. distortum

Microsporum cookei

Microsporum distortum

Microsporum duboisii

Microsporum equinum

Microsporum ferrugineum

Microsporum fulvum

Microsporum gallinae

石膏样小芽胞菌 Microsporum gypseum

Microsporum langeronii

Microsporum nanum

Microsporum persicolor

Microsporum praecox

Microsporum ripariae

Microsporum rivalieri