他生于
大阪一个商人的家庭,自幼好学,10岁入
大阪朱子学派的中心怀德堂，拜
三宅石庵为师。少年时期就认为
儒家经典有谬误，写出批判儒学的书《说蔽》（已失传），因此被老师开除。后受雇校订《
大藏经》，趁机研究
佛教约10年，因而精通佛典并且熟悉佛教思想发展史。最后开设私塾，从事教学和著述。有《说蔽》一书，以历史发展的角度考察儒学；该书与
三浦梅园之《
三语》、
山片蟠桃之《
梦物语》并称为三名著，惜今已不传。仲基去世时年仅32岁。
在代表作《出定后语》（1745）一书中，他指出：佛教由小乘到大乘各派，是按照“加上的法则”发展的，即后起的思想扬弃以前的思想，并且加上一些新的内容，于是形成新的宗派；
大乘佛教是后来的佛教徒臆造出来的，不是佛陀所说。他说“言有三物（人、世、类）”,认识到思想、言论是以物质为基础的,并且把这种认识作为方法论运用于对日本思想史的研究。在《翁之文》（1746）这本启蒙书中，他对儒学、佛教、
神道作了综合的批判。他宣称，“道”与各国的社会环境和时代有关，“言有物，道因此而分；国有俗，道因此而异”。在他看来，佛教是印度的“道”，儒学是中国的“道”,对日本都不适用,神道虽然一直是日本的“道”，但是因为时代不同，也不能成为日本当时的“道”，日本当时应该实行“诚之道”或“道之道”。
仲基富于批判精神，在短暂的一生中批驳了儒学、佛教和神道的基本思想。他对佛教的批判不同于儒家从道学角度出发，而使用历史方法。这在当时的日本是十分难能可贵的啊。他不仅研习儒学，亦深究神、佛二道，但不执着于任何立场，其学说在当时及其后的日本思想界，都曾引起强烈的震撼。尤其主要著作《出定后语》一书，更是日本思想史及
佛学研究史上的重要作品，为该国‘
大乘非佛说论’的先驱，所显示的创发性、批判性及新颖的史学方法，为该国同时代思想界所罕见。还主张除去儒之文、佛之玄及神道之旧风，而求‘诚之道’。此说对
本居宣长、
平田笃胤等人影响甚深。