“宇宙进化”是孙中山受到进化论的启发而创立的学说。孙中山认为,宇宙的进化有三时期——物质进化时期、物种进化时期和人类进化时期,第一时期进化到出现了地球,又经历了漫长的阶段,地球上的非生物物质才演化出原始生命——细胞,即“生元”。《孙文学说》中提出了“生元”说,对“生元”一词进行了界定,揭示“生元”的特点,以及“生元”与生物界、与人类社会的关系。

孙中山青年时代即已受到西方进化论的影响,在香港西医书院学习时,曾认真研读达尔文的《物种起源》,高度评价该书的价值,认为该书的出版使进化学说“大放光明”,“世界思想”发生大变。孙中山还认真研究过达尔文的拥护者和捍卫者赫胥尔的著作,又依据自然科学的新成就而形成他的进化思想。

民国7年(1918)孙中山撰写的哲学专著《孙文学说》,明确提出宇宙的进化有三个时期,并具体揭示三时期的具体内容。民国13年,孙中山在广州进行“三民主义”演讲时,运用拉普拉斯星云说和赖尔的地质缓慢进化观点,对宇宙的进化过程作进一步的解释。

孙中山认为,宇宙的进化分三个时期,即“物质进化”时期、“物种进化”时期和“人类进化”时期。第一时期:宇宙由“太极”(他以此译西方的“以太”)开始,“太极”动而生“电子”,“电子”凝而成“元素”,“元素”合而成“物质”,物质聚而成地球;第二时期:有了地球之后,便产生“物种”,物种由小而变大,由简单而变复杂,依据“物竞天择”的原则,经历许许多多的“优胜劣败”的“生存淘汰”和“新陈代谢”,最后产生“人类”;第三时期:人类经历若干万年之后,逐渐去掉兽性而“长成人性”,依据“互助”原则而逐渐进化。关于地球的生成,孙中山则认为,“地球本来是气体”,最初和太阳都在“空中”,“成一团星云”,后来太阳收缩,“分开许多气体”,渐渐“凝结成液体,再由液体固结成石头”,以后才有人类。孙中山又指出,由气体变为液体“要几千万年”,液体变为固体石头“又要几千万年”,“人类初生在200万年以内”,“距今20万年,才生文化”。孙中山确认,“人是由动物进化而成,不是偶然成就的”,人类社会经历了“洪荒时期”、“神权时期”、“君权时期”和“民权时期”四个阶段。

宇宙进化三时期论,把宇宙发展看成一个由低级到高级、由简单到复杂的进化过程,否定了“神造天地”和“上帝造人”的宗教观,否定了西方的机械论和中国的历史循环论,并批评了社会达尔文主义的庸俗进化论。它是孙中山的民主革命论和民权主义思想的理论依据。

孙中山明确界定,“生元”就是“细胞”。他指出,“生物之元子”许多学者翻译为“细胞”,他特地创名作“生元”:“元”便是“元子”,“生”是“生成”和“构造”,“生元”便是生成和构造人类和万物最原始的东西,故称为生物的“元子”。

孙中山提出“生元之知”与“生元之能”的观点,认为“生元”有“知”、有“能”,每一个“生元”都有生命、有知觉、有能动性。“生元”在构造人和万物时,有“知觉灵明”,有“动作思为”,有“主意计划”,因而它是又“精”、又“微”、又“神”、又“妙”的“不可思议”的东西,如人的身体结构的精妙神奇、聪明知觉,动植物的千姿百态等,都是“生元”所为。“生元”既是宇宙进化的产物,又是人和动植物构造的基础。“生元”来源于物质世界,是无生命物质长期进化发展的结果,而生命起源于“生元”。“生元”构造人类和万物,就像人类构造屋宇、车船、城市、桥梁,又如“空中的飞鸟,即生元所造的飞机”,“水中之鳞介,即生元所造之潜水艇”。孙中山认为,“生元”既构造了人,又“依人身为生活”。“生元”与“人”存在着双向互动的关系,一方面,“生元”构造人体如同人构造国家一样,人体脏腑的功能都由“生元”的生理机能所“节制”;另一方面,“生元”又必须依靠人,人通过饮食摄取外界的蛋白质、脂肪、水分及各种化学元素等,经过消化,既构造人体,又成为“生元之养料及燃料”。

孙中山的“生元”说既受中国传统哲学“物活论”影响,又摄取了西方科学,如德国微耳的细胞学说和法国卡里尔(孙中山译为“圭哇里”)的思想养分,是中西方哲学交融的产物。

孙中山的进化观明显受到达尔文进化论的影响,但他又高于达尔文,将生物进化论发展、升华为世界观和方法论，又带有深刻的中国传统文化的烙印。中国文化重人生、重伦理道德,宇宙观与道德观、本体论与伦理学融为一体的哲学特征和直观整体的思维方式对孙中山有较强的影响。