孤立语言（Language Isolate），一般是指与任何其它的语言不存在亲属关系的自然语言。由于该语言的孤立性，它无法被分类到任何语系中，所以暂时不属于任何已知的语系。知名的孤立语言如苏美尔语（Sumerian）、埃兰语（Elamtie）、巴斯克语（Basque）、米诺斯语（Minoan）、库孙达语（Kusunda）、尼哈利语（Nihali）、布鲁夏斯基语（Brushaski）、阿伊努语（Ainu）等。

孤立语言可以被看作是一种特殊的未分类语言，即使经过广泛的工作仍然未分类。如果这样的工作，最终证明了成果，以前认为是孤立的语言可能不再被认为；如澳大利亚北部，一个曾被划分为孤立语言的亚宇那（Yanyuwa）语，现在被划分到帕马-恩永甘语系。同理，也有一些语言是早期研究认为其属于某一语系，而在新研究出台之后将其划入孤立语言者亦有之；比如伊特拉斯坎语，以往的欧洲古语言研究者常常本能将其分类为印欧语系，然而后世的诸多研究证明印欧语系诸语言与该语言没有联系。

与通常所说的“孤立语言”不同，有些语言是相对孤立的。比如说，阿尔巴尼亚语、希腊语等属于“印欧孤立语言”，因为它们虽然属于印欧语系，但与印欧语系内其它语言不同的是，它们并不属于印欧语系中的任何一个分支，而是独立成为一个体系。不过，通常情况下的孤立语言都是指绝对孤立语言。

需要注意的是，“孤立语言”与“孤立语”（又称分析语或词根语）不同，前者是从语言分类的角度上来描述一种语言，而后者则是指没有时态和格变化的语言，是语言本身的一种特性。两者不应混淆。

此外，也有一些比较特殊的情况，就是某一个语系下只剩余一门语言（换言之就是除该语言外所有该语系下属的语言已全数灭绝）比如像巴西亚马逊地区原住民皮拉罕人操的皮拉罕语，该语言是美洲原住民诸语系中的穆拉语系的最后幸存者。于是该语言最后也被分类为了孤立语言。

对于东亚地带的这两种语言，历来语言学家们对此二种语言的语系分属争议始终激烈。大部分的语言学家认为应该将日语与朝鲜语合并为一个新的语系。

日语问题

早期认为日语属于阿尔泰语系，因为日语与阿尔泰语系有些十分众多的关联性，比如日语是黏着语，而阿尔泰语系下几乎所有语言都是黏着语。此外，日语的语法、语序等也与阿尔泰语系下属的诸多语言有许多的联系。不过问题在于，日语与所有的阿尔泰语言之间有空前巨大的隔阂，就是日语与它们之间有极少的同源词。这就足以说明问题，因为根据语言发生学语言同源理论，语言分类的标准就是：同源词。

如果是从同源词上去看的话，日语与阿尔泰语系诸语言有较少的同源词，却和南岛语系有着大量的同源词。这就意味着在日语的语系分属问题，要有至少二大语系来进行争夺。甚至有一些语言学家认为日语是汉藏语系的一门语言。而汉藏语言中的主力：（汉语）对日语的影响最具决定性，日语中至今仍然在使用的汉字就是有力证明。

朝鲜语（韩语）问题

朝鲜语的语系分属问题与日语类似，同样是早期的语言学研究多认为朝鲜语应该分属于阿尔泰语系：朝鲜语拥有与该语系下属语言的几乎所有特征。不过随着语言研究的进一步发展，朝鲜语与阿尔泰语系诸语言之间的差异程度之大也令所有的语言学家无法回避。

与日语同理，朝鲜源与阿尔泰语系诸语言之间的同源词一样少得可怜，而与南岛语系有更多的同源词。而日语的文法与朝鲜语的文法有惊人的相似度、都是使用SOV序列、两者历史上又共同深受汉语的巨大影响。因此有学者认为日语和朝鲜语属于混合语系。

在已经灭绝，成为死语的诸语言中，也不乏被认为是孤立语言的语言。最典型的就是上古时代两河流域的苏美尔人所使用的苏美尔语，或者是像埃兰语。此外，还有一些在今世不甚为人所知，而在古代语言史上曾经占一席之地的语言，经研究也多难以与当世的诸大语系的语言作类比。于是，同样有一些语言学家认为它们属于孤立语言。

这里按大陆分出世界范围内主要的孤立语言。以下诸表格将使用“活跃”，“一息尚存”，“濒危”与“已灭绝”来表示这些语言的现状：“活跃”指该语言尚被持该语言的民族作为母语；“一息尚存”指该语言已经只剩下少量人口学习该语言作为母语；“濒危”指该语言已经基本失去母语使用者，只有少数老人尚在使用该语言。“已灭绝”则顾名思义，指该语言已经失去所有使用者，成为死语。

此外，所谓“活跃”、“一息尚存”与“濒危”的概念不在于语言使用人口的多寡，而是该语言的母语使用者占该民族总人口与所有语言使用者中的比例。

因为各类原因，对非洲语言的研究一直比较模糊。早期研究中，多数语言学家将非洲许多使用人口较少，与其他语系关联较小的语言或是笼统的全划分进几个大的语系，或是简单归类入孤立语言，不过随着研究深入，非洲诸语言之间的联系越发被重视，于是许多孤立语言被重新从孤立语言中挑出，重新进行语系归类。而另有一些原本被设定了语系归属的语言则反而被归类于孤立语言。

亚洲的孤立语言主要集中于东亚与北亚，昔日在中东地区开创出古文明的许多民族所使用的语系也被认为是孤立语言。如今亚洲两大使用者最多的孤立语言——日语与朝鲜语则占了全球孤立语言使用者人数的98%以上。

大洋洲的孤立都是大洋洲原住民所使用的语言。因为不断受到（尤其是欧洲人使用的）强势语言的影响，这些语言往往缺乏足够的母语使用者。

古代欧洲语言与古西亚类似，许多古欧洲民族的语言其语系分属已不可考，所以这类语言一般也都暂时归类入了孤立语言一类。欧洲最大的一门孤立语言是巴斯克语。

北美洲的孤立语言则都是美洲原住民所使用的语言。与大洋洲诸语言的状况类似，美洲原住民语言也是因为遭遇欧洲殖民者所带来的强势语言影响，所以相当部分美洲原住民语言（包括孤立语言）也因缺乏母语使用者而濒临灭绝的境地甚至灭绝。进入20世纪之后这种趋势加快。

南美洲原住民语言所面临的问题与北美洲原住民语言如出一辙。都是受强势语言影响而渐渐消失，其中不乏孤立语言。

按照一些传统的语言学看法，世上本不应有无源之水，但在语言学研究之中，却恰恰发现了这样一些一时无法与其他任何主流语系挂上关系的语言，即是所谓的“孤立语言”。

而历史上，从古至今，持所谓“孤立语言”的民族。远到中东的苏美尔人、阿兰人，近到欧洲的伊特鲁里亚人、皮克特人，再近到东亚日本人，越南人与朝鲜人。