国家自然科学基金、农业部生物技术重点项目、国家教委留学回国人员资助项目等多个项目的研究工作。
2015年8月19日，免去孔宪刚的
中国农业科学院哈尔滨兽医研究所所长（中国动物卫生与流行病学中心哈尔滨分中心主任）职务。
这些研究成果中，《马传贫病马与其弱毒疫苗免疫马血清抗体鉴别法》获得国家科技进步三等奖；《马传贫病马与其弱毒疫苗免疫马血清抗体鉴别法》获得农业部科技进步二等奖；《分泌马传贫病毒及羊型布氏菌单克隆抗体杂交瘤细胞株建立》获得农业部科技进步三等奖；《马传贫免疫中细胞免疫作用的研究》获得农业部科技进步一等奖。另外还获
中国农业科学院科技进步一等奖4项、通过农业部鉴定成果4项。
在多年的科学研究中，首次提出马传贫免疫性质是以细胞免疫为主的理论，证明马传贫弱毒疫苗与感染细胞有整合但不能表达完整病毒粒子，无感染性，安全有效；用基因工程方法研制成功马传贫重组诊断抗原，显著的提高了马传贫诊断抗原的质量，不仅解决了马传贫诊断抗原生产难题；应用淋巴细胞杂交瘤技术成功研制出抗马传贫弱毒疫苗株系特异性的单克隆抗体，并研制出马传贫强、弱毒血清抗体鉴别诊断试剂盒，专家们一致认为该成果是继马传贫弱毒疫苗研究成功后的又一重大突破，处于国际先进水平；首次对中国马传贫强毒和驴白细胞弱毒全基因组核苷酸序列进行测定和比较分析研究，揭示了中国马传贫强毒和疫苗毒的基因组结构和两者间的差异。为马传贫疫苗毒的致弱和免疫分子基础、强、弱毒间遗传变异规律以及两者间致病和免疫保护性基因的研究奠定了基础。同时，在禽病研究方面，通过大量研究证实鸡T细胞在抵抗
鸡新城疫病毒感染中，不但辅助
体液免疫反应的产生，而且直接发挥细胞免疫作用；体液免疫和细胞免疫反应在抵抗
鸡新城疫病毒感染中协同发挥作用；鸡新城疫病毒感染所诱导
t淋巴细胞的
程序性死亡是造成T淋巴细胞及其亚类数量降低和功能缺陷的主要原因之一。这可能是鸡新城疫病毒发病机理的一个重要原因。上述研究结果对鸡新城疫免疫预防等研究战略具有重大参考价值。另外，第一个完成了我国
鸡传染性支气管炎病毒的全部基因组序列分析，说明我国鸡传染性支气管炎病毒的基因序列国外毒株具有较大的差异，提示我国鸡传染性支气管炎病毒可能具有独自的衍化过程。所有以上研究结果在国内外发表文章80多篇。参编著作三部，包括《传染病学》、《马传染性贫血病》 和 《动物免疫学》.