孑遗，古生物学名词，指
孑遗物种，亦称
古特有种或“
残遗种”，是指过去分布比较广泛，而现在仅存在于某些局限地区的古老动植物种，如新西兰的
楔齿蜥和中国的
银杏及水杉等。
残遗种分布地区的缩小，是由于
地质史变迁，该种在原来生存地区大量绝灭所致。在较古老的地质史上曾经发育广泛、种类很多、分布很广泛的动物和植物，在较新的地质年代或现在则大衰退，只存有一两种孤独地生存于个别地方，并有日趋绝灭之势的动物和植物称为
孑遗生物。如中国的
大熊猫、水杉、银杏及美国的
红杉等，都是著名的孑遗生物。
孑遗生物，是一个并没有太多严格限定意义的名词。在表述孑遗生物前，先要说一下
活化石（Living
fossil）。
有些动、植物曾繁盛于某一
地质历史时期，不仅种类多，分布广，而且还保留有大量的化石，但在某一时期后，几乎绝迹，只有极少数种能生存下来，这些
生物种就称为“活化石”。简单地讲，“活化石”是指任何生物其类似种只存在于化石中，而没有其他现存的
近似种，这些种类曾经从主要的灭绝事件中存活下来，并保留过去原始的特性。或者说是指起源久远，在新生代第三纪或更早有广泛的分布，而大部分已经因为地质、气候的变化而灭绝，只存在很小的范围内，这些生物的形态和在化石中发现的基本相同，保留了其远古祖先的原始形状。且其近缘类群多已灭绝，因此比较孤立，进化缓慢的生物。
而按有些人的看法，
活化石有广义和狭义之分，他们认为广义的活化石包括凡在地质历史上所发生过的且至今仍生存着的生物，而狭义的活化石基本上就是指
孑遗生物了，并且认为孑遗生物一定是活化石，细微的区别在于，凡属活化石的现生生物未出现灭绝的趋势，而孑遗则在现今已经出现了灭绝趋势，甚至有的已在灭绝的边缘上，如
苏铁就可称为活化石，但不能讲是
孑遗植物。按照一般的看法，有些生物在地质历史的较古老的时期，曾经非常发育、种类繁多、分布很广，到了第三纪或第四纪晚期以后，这些生物出现大范围的衰退，只有一种或极少几种孤独地生存于极有限的某个地区，并且有日趋灭绝之势，这类生物便是
孑遗生物了，如大熊猫、银杏、
红杉等。
判断是否为孑遗生物的最主要的根据应该是所发现的化石和现在活体为同一个种，也就是说和它处于同时代的同一类群的相似物种都已经绝灭了，唯有它存活下来，这样才可以称之为“孑遗”。由于同一类群的相似植物都绝灭了，其性状和现存的其它物种显然有极大的差别。以银杏为例，在多数教科书上常将其于
苏铁同并列为纲一等级，这预示着两者性状差异极大，具体可从
生殖器官的形态，
叶子的形态等方面分析。
孑遗植物指的是现存的系统位置非常孤立，几乎在现存植物中找不到其他近缘物种，而在
化石记录又显示其在地质历史时期中确实存在的这样一类植物。银杏之所以被称为孑遗植物就是如此。而
苏铁则不同，世界上现存
苏铁目中5个科，10属60种，因此还不能称其为孑遗植物。
孑遗生物包含许多冰河时期的动植物，例如：苏铁、
樱花钩吻鲑、银杏等都是，其外部型态并没有共同的特征可以归纳，不过在分布上通常都显得较为局限且
不连续。其实生物学家也是在比较各地的动植物时，才发现到许多生物呈现不连续的分布，有些在地质证据（
孢粉或
实体化石等）更直接显示曾经大量分布过，因此才厘清这一类特别的动植物来源。 冰河孑遗生物在台湾最著名的就是樱花钩吻鲑，在投入无数人力、物力后，已在
雪霸国家公园复育成功。李志颖说，樱花钩吻鲑复育的地点在高山溪流，气候仍属温带，而高山锯锹型虫更珍贵的是，它已衍化到适应八卦山这种
亚热带气候。
地球地质史上曾经历多次全球性气温下降，导致冰河及两极
冰帽面积因大量水份结冻而增加，使得全球
海平面高度下降。其对生物的影响，除导致北方生物因不适寒冷气候而往南方迁移，还可能造成部份生物，因连接岛屿与大陆间的路桥，遭上升海水淹没等冰河因素遗留在较
低纬度地区，成为冰河孑遗生物。
台湾岛约在第四纪初浮出水面，其间部分时期与大陆相连，因此
欧亚大陆第三纪古老物种得以进入台湾，之后有四次规模较大的
冰河期，台湾都未覆冰，所以其
生态环境未受到毁灭式的伤害，一万多年前最后一次冰河北退之后，地球气温回暖，而这些从冰河期即遗留下来的生物就称为
孑遗生物。
由于冰河期来临时，北方或耐寒的物种会扩张领域至温暖地带，但当温度回升或
地壳变动后，造成其生存环境改变，因此分布范围缩减，而形成许多孤立的族群。大多数族群都因找不到合适环境而灭绝，只有少数族群因为退缩到高山等类似环境的地方而可以继续生存，形成所谓“孑遗生物”。
或许是造物主的精心设计，或许是大自然的无心插柳，这个原始生物的求生之道，不仅改变了生物的演化，也改变了地球的演化。选择
碳酸钙外壳的原始生物，显然押对了宝，他们多子多孙，
瓜蒂矊綖，历经多少次
大灭绝的挑战，直到今天仍然人丁兴旺。