奥托三世（980年7月-1002年1月23日）是996年的神圣罗马皇帝，直到1002年去世。奥托三世萨克森王朝的的一位皇帝，是奥托二世皇帝及其妻子狄奥凡诺（东罗马帝国公主）的独生子。，萨克森王朝的第三位神圣罗马帝国皇帝（996年5月21日—1002年1月23日在位）。

奥托三世（Otto III）父亲在意大利南部去世，抗战拜占庭帝国和西西里岛酋长国后不久，即以983年，奥托被加冕为德意志国王。尽管当时是德意志名义上的统治者，但奥托三世的次要地位确保了他的各个摄政王都掌握着帝国的权力。他的表弟亨利二世巴伐利亚公爵最初宣称对幼年的国王有摄政权，并于984年企图夺取王位。当他的叛乱未能获得德意志贵族的支持时，亨利二世被迫放弃他对王位的宣称，并被迫将摄政权交给了奥托三世的母亲狄奥凡诺，直到991年去世。奥托三世当时还是个孩子，所以他的祖母阿德莱德担任摄政直到994年。

公元996年，奥托三世（Otto III）前往意大利，继承了意大利国王和神圣罗马皇帝的头衔，两头衔自983年奥托二世（Otto II）逝世以来，一直无人持有。奥托三世（Otto III）还试图重新建立对罗马的帝国控制权。罗马教皇克雷森蒂乌斯二世（Crescentius II）举兵叛乱。奥托三世平定了罗马的叛乱并废黜了克雷森迪乌斯二世，将其堂兄安册封为新一任教皇称格里高利五世，这是历史上第一位德国籍教宗。之后奥托三世皇帝赦免了克雷森迪乌斯二世并离开了这座城市之后，克雷森蒂乌斯二世再次叛乱，废黜了格里高利五世并拥立了约翰十六世作为教皇。奥托三世（Otto III）于998年返回罗马平叛，重新册封了格里高利五世（Gregory V），并处决了克雷森迪乌斯二世（Crescentius II）和约翰十六世（John XVI）。当格里高利五世（Gregory V）于999年去世时，奥托三世（Otto III）册封了西尔维斯特（Sylvester）二世作为新教皇。奥托三世一生的举动进一步加强了帝国对天主教的控制。

从他的统治开始，奥托三世就面临东部边境的斯拉夫人的入侵。在其父亲于983年去世后，斯拉夫人反抗帝国统治，迫使帝国放弃易北河以东的领土。奥托三世（Otto III）争取在他整个统治期间收复帝国失落的领土。在东部，奥托三世加强了帝国与波兰，波西米亚和匈牙利的关系。1000年通过他在东欧的事务，他通过支持在波兰的宣教工作和加冕礼来扩大基督教的影响力。斯蒂芬一世是匈牙利的第一位基督教国王。

奥托三世于1001年返回罗马，面对罗马贵族的叛乱，迫使他逃离了这座城市。奥托（Otto）在1002年进军这座城市时，突然发烧，死于法莱里亚（Faleria）的帕特诺城堡（Castle Paterno），享年21岁。他没有继承人的明确继承人，但他的早逝使帝国陷入政治危机。