奥多摩站是东京都最西端的车站，也是都内海拔最高的JR铁路车站，位于海拔343米的奥多摩溪谷中。车站于
1997年获选为“关东车站百选”之一。
奥多摩站是一个
地面车站，月台设计为
岛式月台1面2线。一般列车班次只会使用1号月台，2号月台虽然能容纳6辆编组的列车，但因为列车停靠时会和月台有很大的空隙，因此平日只有早上一班列车使用，周末和假日也只有“假日快速奥多摩”号（6辆编组列车）、少部分普通列车班次和临时列车班次使用。
站舍为两层式建筑，剪票口设于地面，旁边是由奥多摩观光协会营运的商店，二楼则是车站画廊和餐厅。由于奥多摩站是JR东日本的直营站，站内设有
自动售票机和简易
Suica闸机，但没有绿色窗口。
车站两个月台的出发提示乐曲是一首名为“どんぐりころころ”的
童谣。由于两个月台的乐曲采用不同段落，因此两者有不少差异。