基因间隔区/基因间区（intergenic region），它不为氨基酸编码，长短不一，短的仅几个核苷酸。在真核生物中它可能包含一些调控序列

基因间隔区（IGR）是位于基因与基因之间的一段DNA序列。IGR的少数序列会影响基因的表现，偶尔有一些可以控制其附近的基因，但大部分都没有已知的功能。它有时亦被称为垃圾DNA。最近从IGR的DNA片段转录成的RNA被称为“暗物质”或“暗物质转录物”。

IGR不同于在基因编码区的内含子，它是高频存在于在生物，尤其真核生物的非编码区的短DNA序列，在人类基因组中占大多数。

根据DNA元件百科全书计划（ENCODE）对人类基因组的研究，通过发现新异构体扩大基因区域和鉴定新的基因间隔区转录本，基因间区域的数量显著增加（从32,481到60,250）。 科学家已经根据基因间区域人工合成了蛋白质。

因为IGR没有功能所以它曾被称为垃圾DNA。然而，近些年来发现这些区域确实含有功能上重要的元件，例如启动子和增强子。特别地，基因间隔区含有的增强子DNA序列，其可以对几千个碱基对以外的的距离上的离散基因进行激活表达。改变与增强子结合的蛋白质会导致基因表达重调并影响细胞表型。基因间区域也可能包含尚未鉴定的基因，如非编码RNA。虽然对它们暂时知之甚少，但它们被认为具有调节功能。特别是在人类基因组中，它占比将近95%，而在细菌与酵母中，它的比例很低，只有15%-30%。近年来，随着ENCODE项目的进展，人类的基因间区域正在被更详细的研究。