慈云妙意最初在本寺南方的二上山中的草庵独自苦行修禅，偶经云游至此的孤峰觉明的推荐，前往拜见纪伊由良的兴国寺法灯国师，豁然大悟，得其印可。当时慈云24岁。后返二上山继续修行。正安年间（1300年前后）开创摩项山东松寺。因慕其禅风，从日本全国各地聚集而来的游方僧无数。其后，接受后醍醐天皇的皈依，嘉历2年（1327年）受赐清泉禅师之号，翌年得赐“护国摩顶巨山国泰仁王万年禅寺”的敕额，改东松寺为国泰寺，同时作为“北陆镇护第一禅刹特进出世之大道场”，成为与京都南禅寺同等级别的敕愿所。
北朝的光明天皇也对慈云妙意虔诚皈依，在全国建立安国寺之际，将本寺定为越中国的安国寺，将军足利尊氏亦表尊崇之念，修缮伽蓝、捐献土地。贞和元年（1345年）6月3日，慈云留下“天有月，地有泉”的临终之句，72岁圆寂。受光明天皇赐号“慧日圣光国师”。
其后本寺虽获守护代神保氏的的崇信，却因遭遇应仁（1470年前后）到天文（1550年前后）年间的战乱，特别是上杉势进攻越中而荒废。雪庭和尚接后奈良天皇圣旨复兴本寺，约在天正年间（1580年前后）由二上山移至现所在地。进入
江户时代后，贞亨3年（1686年）建大方丈室，将军纲吉以本寺为法灯派总本山，亨保年间（1720年前后）由高壑和尚等人对伽蓝进行了大规模的修缮（现在的法堂为当时建筑），基本形成现在的布局。到了
明治维新时期，虽受排佛毁寺的影响，但越受、雪门两位和尚在山冈铁舟的帮助下重建了天皇殿等诸堂宇。此外，日本思想家西田几多郎和铃木大拙在年轻时曾拜访雪门。1936年重建住持居所，1967年建观音堂，1974年建成月泉庭及龙渊池（放生池），1975年建厨房和增建住宿处后，即现在规模。
肩负北镇第一禅刹之盛名，遵守雨安居、雪安居（2月-7月为雨安居，8月-1月为雪安居）的禅堂规矩，并面向大众开放禅堂，对团体及个人进行坐禅指导。希望参禅及听法者可提出申请。
月泉庭龙渊池为京都小川寿一氏的设计名作。所用石头是与开山国师有因缘的二上山的砂岩。月泉庭中央的巨石重约42吨，可谓日本第一的庭园之石。石制洗手盆所用的青石为滋贺县永源寺之石。沙为京都的白川沙。