集中其雄厚的科技力量、技术设备、资金，同时将新疆地方、农垦两大系统中与棉花生产有关的科研、生产、推广、管理和经营单位等部门联合组成股份制实体，按项目进行合同制运营。
目前，国家棉花工程技术研究中心与
新疆农垦科学院、新疆棉麻公司、农垦种子公司等单位在北疆石河子市组建了集品种选育、良种扩繁、加工包衣、推广经销为一体的北疆良种繁育基地及棉种加工厂，开展种子产业化工程的技术协作，共建有良种扩繁地3000亩。
在南疆，棉花工程中心与新疆供销社在阿瓦提联合建立机械化植棉示范基地，引进先进机械和技术，重点示范激光平地、精量播种、残膜回收和机械采棉等技术。在最大植棉县莎车县，与县种子公司合资组建南疆棉种繁育基地机械脱绒棉种加工厂，设计年生产能力可达3000吨。