小麦改良中心的建立，是为了根据全国小麦产业和育种发展的需要，以亲本创新和育种理论与方法研究为主，兼顾高产优质广适应性品种的选育，加强与分中心的交流与联系，成为全国
小麦育种的技术创新、人才培养、国际交流和信息中心。达到基础设施精良配套、运行机制开放高效、服务全国小麦育种和产业发展的目的。通过5-10年的运行和进一步完善，国家小麦改良中心逐步实现与国际接轨，形成密切合作、分工明确的全国小麦育种新体系，满足国内育种单位对亲本、信息和人才的要求，为小麦产业发展提供强有力的技术支持。使我国的小麦育种研究总体达到国际先进水平，部分达到国际领先水平。
小麦改良中心的主要任务是种质资源收集、保存、评价和交换，亲本创新和育种理论与方法研究，北方冬麦区品种培育，以及协调小麦改良分中心的工作，并开展相关国际合作、人才培训和学术交流与信息共享等活动。