国家口蹄疫参考实验室是在
中国农业科学院兰州兽医研究所原口蹄疫研究室基础上组建，于2002年11月由农业部发布命名。该室始建于1958年。建室以来，一直从事口蹄疫和
猪水泡病的诊断检疫、流行病学监测、免疫预防和病原生物学研究以及技术产品的开发推广工作，拥有毒种库、血清库及其数据库，其研究成果为国家制定口蹄疫防制策略提供了科学依据，技术和产品已成为我国预防口蹄疫的重要手段。
该室现有在职科研人员41人，其中研究员4人、副研究员11人，具有博士学位者8人、在读博士9人，硕士学位者21人，另有客座和特聘研究员8人。实验室设施先进，拥有万元以上仪器设备近千台（件），1990年被批准为农业部重点开放实验室。建室以来，先后建立了6项与国际接轨的口蹄疫诊断检疫方法，此外还建立了4种适合国内应用的检疫方法。在免疫预防研究方面，迄今研制成功了我国几乎全部的口蹄疫预防用疫苗品种。
多年来，以上诊断检疫技术和疫苗在我国口蹄疫防制中发挥了重要作用。在流行病学研究和疫情监测方面，成功绘制出
口蹄疫病毒系统发生树，搞清了病毒的遗传衍化关系，为预防口蹄疫流行提供了科学依据。
“八五”以来，共承担国家和省部级科研课题和监测项目70余项，是多项国家攻关、攀登计划、“973”和“863”等重大科研项目的主持单位；共获得国家和省、部级科学技术奖励50余次，发表论文2000余篇，获技术专利30余项，开发技术产品40余种。目前，该室在首席科学家谢庆阁研究员领导之下，一批年富力强富有奉献精神的学术骨干正在口蹄疫分子诊断、
基因工程疫苗、预警预报信息和权威咨询系统等高技术领域开展研究工作，必将为预防口蹄疫提供更为先进有力的技术手段。