国家儿童医学中心（上海院区）是将以复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心为联合主体设置的国家儿童医学中心分院。

2017年1月23日，《国家卫生计生委关于设置国家儿童医学中心的函》正式印发，明确将以复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心为联合主体设置国家儿童医学中心（上海院区）。

国家儿童医学中心（上海院区）坐落于地处浦东新区的上海国际医学园区，毗邻康新公路4365号的上海市质子重离子医院，将承担全国或区域性疑难危重疾病诊治，带动全国或区域内医疗服务能力的提升；协助制定我国儿童重大疑难疾病的诊疗指南和行业规范；组织开展儿科专业住院医师规范化培训和专科医师培训，培养临床技术骨干和学科带头人；建立儿童重大疾病监测系统，确定儿童健康问题研究的学科发展方向。