2015年5月7日报道，经历十余年的筹备、建设，上海市质子重离子医院，暨复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心开业。

上海市质子重离子医院位于上海市浦东新区国际医学园区内，总占地150亩，共设床位220张。它是一所集医疗、科研、教学于一体的现代化、国际化肿瘤中心。

上海市质子重离子医院将配有24间门诊诊室，1套质子重离子系统4间治疗室，其拥有的主要大型医疗设备还包括2套直线加速器、1套PET/CT设备、2台核磁共振设备、2台电子计算机X射线断层扫描设备（CT）以及1台发射单光子计算机断层扫描仪器设备（ECT）。

上海市质子重离子医院于上世纪90年代开始筹备，2003年项目正式启动。在上海市委、市政府的鼎力支持和国家各相关部门的积极配合之下，该医院历经十年磨砺，终于建设成为我国首个拥有质子、重离子两种技术的医疗机构。

2014年6月至9月，上海质子重离子医院顺利开展35例患者的临床试验。同年12月，全部完成治疗3个月的35例病例临床试验观察随访，圆满结束了临床试验。

2015年3月，国家食品药品监督管理总局向上海质子重离子医院颁发了国内首张质子重离子系统设备进口注册证。至2015年4月初，临床实验病例已结束治疗满6个月，医院专家团队随访总结显示，质子重离子系统设备无论是从安全性还是在即期疗效方面，都取得了令人满意的结果。

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2021年10月，被授予“2021年上海市五一劳动奖状”称号。