国债余额指立法机关不具体限定中央政府当年国债发行额度，而是通过限定一个年末不得突破的国债余额上限以达到科学管理国债规模的方式。国债余额包括中央政府历年预算赤字和盈余相互冲抵后的赤字累积额、向国际金融组织和外国政府借款统借统还部分（含统借自还转统借统还部分）以及经立法机关批准发行的特别国债累计额，是中央政府以后年度必须偿还的国债价值总额，能够客观反映国债负担情况。

国务院在关于实行国债余额管理的报告中说，自1981年恢复发行国债以来，我国一直采取逐年审批年度发行额的方式管理国债。这种管理方式存在五个方面的问题：年度国债发行额不能全面反映国债规模及其变化情况，控制年度国债发行额不利于合理安排国债期限结构，不利于促进国债市场平稳发展，不利于财政与货币政策协调配合，不利于提高国债管理效率。

全国人大常委会预算工作委员会关于实行国债余额管理的意见同意了国务院提出的五条建议：一是在每年向全国人民代表大会作预算报告时，报告当年年度预算赤字和年末国债余额限额，全国人民代表大会予以审批；一般情况下，年度预算赤字即为当年年度新增国债限额。二是在年度预算执行中，如出现特殊情况需要增加年度预算赤字或发行特别国债，由国务院提请全国人大常委会审议批准，相应追加年末国债余额限额。三是当年期末国债余额不得突破年末国债余额限额。四是国债借新还旧部分由国务院授权财政部自行运作。财政部每半年向全国人大有关专门委员会书面报告一次国债发行和兑付等情况。五是每年一季度在中央预算批准前，由财政部在该季度到期国债还本数额以内合理安排国债发行数额。

但好事也需要好好办，在实施过程中考虑周全才不失理性。从我国的现实来看，2004年底国债余额占国内生产总值的比重，即国债负担率为21.6%，远低于由欧盟规定国际公认的60%的警戒线，这种国际比较中的相对优越性一定程度上容易造成麻痹、松懈的情绪。实际上，国债余额管理具体实施中有三点需要仔细思量。

首先，国债余额管理需考虑政策搭配。国债余额管理的实施将使得中短期债券的发行重获垂青，而这些具备高流动性、高安全性的国债品种某种程度上是央行票据的一种替代物，是央行实行公开市场操作的重要金融工具。因此，在“双稳健”的总体政策搭配框架之下，国债余额管理不仅需要考虑到财政融资的需要，还要考虑到货币政策执行的需要。唯有在财政政策和货币政策制定和执行之间建立起完善、透明、经常的信息传递机制，国债余额管理才能实现多样化目标，避免宏观政策冲突的出现。

其次，国债余额管理需顾及挤出效应。国债余额管理相比以前的逐年审批年度发行额的方式具备更大的灵活性和主动性，这使得国债发行的可控性和限制性相应有所降低。在此背景之下，如果余额设限过松，那么国债发行增量可能会出现相对过大的局面，对债券市场内的企业债券发行将产生潜在的挤出效应。中国债券市场的顽疾之一就是国债比例过大，而中国企业的发展瓶颈之一也是直接融资困难，在国债本身相对企业债券就更具吸引力的中国特色之下，在国债余额管理中充分考虑挤出效应，保持国债比例适度性是十分必要的。

最后，国债余额管理需考虑民生需求。国债余额管理调节的是国债供给，而需求的变化也会对供给调节政策的有效性带来重要影响。在中国债券市场中，商业银行是主要的交易者，但随着“十一五”规划对和谐增长的强调，民生需求的重要性日益凸现。从我国现状看，2005年前三季度中国城镇居民人均可支配收入同比实际增长9.8%，农民人均现金收入同比实际增长11.5%，居民收入增长率刚刚达到经济增长率的水平。对国债民生需求的总量和结构有一个细致、深入的了解，对国债余额管理来说将不无裨益。