“
哭庙”是
苏州一带流传已久的习俗。当地经济发达，人文荟萃，来自殷实之家、中产阶级的读书人成为一股重要的社会监察力量，当官府有不法之事不当之举，士子们每每聚集文庙，作《卷堂文》，向
祖师爷孔圣人哭诉后，更召集民众向上级官府申告。
在明朝，人多势众的“哭庙”申告往往能令官府不敢小视而采纳。但换了新朝，老皇历撞了南墙。因“哭庙案”牵涉入狱又幸免于难的
顾予咸在《雅园居士自叙》中分析说，清朝统治者因为对“哭庙”习俗“未之前闻，张皇摭拾”，故兴起大狱。这种说法未必可信,疑有为清朝统治者开脱之嫌疑。
“哭庙案”事起于苏州吴县新任
县令任维初，顺治十七年，一面以严刑催交
赋税，杖毙一人，一面大举盗卖官米，中饱私囊。吴中百姓不堪其苦。以金圣叹为首的几个秀才，因同情农民的遭遇，写了“揭帖”到哭灵场所控告县官，金圣叹将矛头指向包庇部下的巡抚
朱国治，《哭庙文》写道：“顺治十八年二月初四，江南生员为吴充任维初，胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾。读书之人，食国家之廪气，当以四维八德为仪范。不料竟出衣冠禽兽，如任维初之辈，生员愧色，
宗师无光，遂往文庙以哭之……”。
朱国治大为震怒，当场逮捕了倪用宾等五名秀才。后来被逮捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等人，其中并没有金圣叹。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮捕，金圣叹高呼先帝，被掌二十巴掌。朱国治将哭庙文的起草人金圣叹作为首犯拘捕，冠以“摇动人心倡乱，殊于国法”之罪，最后倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、束献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死罪，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。
据《辛丑纪闻》记载：“至辰刻，狱卒于狱中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人观者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处而已。”《哭庙纪略》记载，沈大章由其叔收尸，倪用宾、薛尔张、周江三人由
顾予咸收葬；其余十四人则由亲人收葬。