永禄8年(1565年),义辉被家臣
松永久秀等暗杀,惟政将被软禁的义辉的弟弟觉庆(
足利义昭)和仁木义政一起从
一乘院救了出来,暂时躲藏在自己的宅邸,之后跟随流浪的义昭。在
越前国的
朝仓义景、
尾张国的
织田信长的援助下还俗的义昭一就任第15代
将军,就从信长处获得了摄津国芥川山城,之后又被给予高槻城 ,惟政和池田胜正、
伊丹亲兴共同被
足利义昭任命为摄津国的守护一人,三人被称作 “摄津三守护”(《足利季世记》)。
之后惟政在作为足利幕臣大力参与京都周边外交与政治的同时,作为
织田氏家臣也参与
信长的政治及会战,担任义昭和信长之间的桥梁的职务。特别是
永禄12年(1569年)10月,惟政作为向
信长请求援军的
播磨国赤松氏的援军,参加了攻击
备前国浦上氏的战役。
在那之后,惟政在因事前往
美浓国的信长处的途中,收到信长传来的蛰居的命令。据
路易斯·弗洛伊斯(Luís Fróis)称惟政受到的是“不允许接见”、“破坏
近江国内惟政所拥有的城市”“没收收入中的2万克鲁扎多”这类严厉的处罚。
虽然
弗洛伊斯的记录认为这是
朝山日乘向
信长诬陷惟政的结果,但可以推测出同时期信长和
足利义昭的关系恶化才是最大的原因(惟政是足利的幕臣)。惟政对此剃发抗议。
元龟元年(1570年)惟政在京城谒见正要攻击
越前(金崎之战)的信长后,信长恢复了他的地位。据弗洛伊斯称有增加3万克鲁扎多的俸禄等非常好地被优待了。据称6月28日作为
织田氏一方参加了
姊川之战。
11月,面对变成拥有多方面敌对势力的形式,
信长利用
将军义昭的权威与
六角氏和解,这个时候有惟政寄给三云成持·三云定持的书信(福田寺文书), 惟政与曾经在六角氏的影响下同样作为
甲贺当地的豪族的三云氏之间的密切联系,在这次与六角氏的和解中也扮演了重要的角色。
元龟2年(1571年)为了讨伐与松永等
三好三人众联盟的池田知正,和伊丹氏、茨木氏共同在摄津国白井河原之战中被
池田氏家臣
荒木村重打败战死。受到多处贯通枪伤和刀伤,同时也让想取自己首级的对手受伤,最后壮烈牺牲。
惟政在自己的领地上热心地保护
基督教的事在弗洛伊斯著的《
日本史》上有详细的记载。惟政除了在
弗洛伊斯会见
织田信长的时候担任中间人,还为了不让武士去教会住宿积极地做武士的思想工作,在皇宫发出伴天连(
基督教)驱逐令的纶旨后想使其撤回,硬要让传教士坐自己的上座等对基督教非常热忱。
还很积极地协助
畿内的
基督教传教。但是,因为惟政自身在接受
洗礼之前就战死了,对于他的死弗洛伊斯很是哀叹。再者,有惟政在遇到
基督教之前属于
禅宗的说法。
惟政的墓碑在
大阪府高槻市的伊势寺。据称
享保年间(1716-36年)改建高槻城时惟政的墓碑被发现并移动。