发酵微生物是用于发酵工业的微生物的总称，分细菌、霉菌、酵母和放线菌四大类。

细菌和酵母菌都是单细胞，细菌借分裂而繁殖，酵母借芽生而繁殖。霉菌是多细胞，除内生或外生孢子外还有菌丝，肉眼可以看见。放线菌也是多细胞，有线状菌丝体和孢子。细菌主要用以产生丙酮、丁醇、乙酸、乳酸、谷氨酸等。霉菌主要用以产生淀 粉酶、葡萄糖酸、柠檬酸等。酵母菌主要用以产生甘油、乙醇、酒类等。放线菌主要用以产生抗生素。