重构的原始印欧语(PIE)词根是承载词汇意义的基本词素。通过增加后缀形成词干，再通过变形词缀在文法上形成变形后的词(名词或动词)。PIE 词根服从元音变换，除了一些非常特殊的情况，词根完全由它的要素辅音来刻画，而元音是可以变换的。作为规则，PIE 词根有单一的音节核心，并通过元音变换可以要么是单音节要么不构成音节。

基本词根结构

PIE 词根的中间是元音变换的元音(通常是完全等级的 *e，有时可能是 *a)。这个元音构成了一个响亮顶点，它周围前导或尾随着逐步递减响亮度的一序列辅音(就是说响亮度在词根两侧都递减)。响亮级别如下:

这给出了下列词根结构(这里的 P 是塞音而 是空位置):

注意在元音后的 *w 经常写为 *u，而在元音后的 *y 经常写为 *i。因此 *leiǵ- = *leyǵ-“to bind”而 *dʰeu- = *dʰew- “to run”都是允许的词根。

其他可能的词根包括 *ped-“foot”，*dʰwer-“door”和 *wleikʷ-“to moisten”。禁止结构如 **mter-(音位次序错)和 **wmek-(两个同组音位)。

额外音位

余下的声音，也就是喉音 *h1 *h2 *h3 和咝擦音 *s，可以在占据在这个等级中的几乎所有位置。 *s 特别常见于初始位置(参见飘忽s-)。

这种词根的例子有 *peth2-“to fly”，*treh1w-“to nourish”和 *streig-“to stroke”。

对塞音的限制

词根不能包含两个普通的浊塞音(**ged-)，也不能包含一个浊送气音和一个清塞音(**tebʰ-)，除非后者同一个 飘忽s-一起出现在词首辅音丛中(比如*stebʰ-“to stiffen”)。

对音位数目的限制

元音必须同时前导和跟随着至少一个辅音。最大辅音数目好像是五个(比如 *strenk-“tight”)。

早期的 PIE 学者重构了一些开始或结束于元音的词根。后者类型总是有长元音(*dʰē-“to put”，*bʰwā-“to grow”，*dō-“to give”)，而这个限制对元音开始的词根不成立(*ed-“to eat”，*ant-“front”，*od-“smell”)。喉音理论可以通过重构一个喉音跟在元音之后(*dʰeh1-, *bʰweh2-, *deh3-，导致了长元音)或前导于它(*h1ed-, *h2ent-, *h3ed-，导致了短元音)来解释这种表现。这些重构服从上述规则。

例外

应当注意到某些词根如 *pster-“to sneeze”好像不符合这些规则。 这可能是由于对 PIE 音位结构的不完全理解或错误的重构。

每个 PIE 词根都有固有的意义，但不是总能够直接重构的，这是由于语义变迁和在证实了的后代语言间的反映者们的意义差异。

重构的词根总是有“动词”含义，而名词是通过后缀或其他方式派生出来的(例子参见原始印欧名词)。这甚至对前面章节中被翻译为名词的词根都成立: 例如*ped-，也可以意味着“to tread”，依赖于元音变换等级和尾缀。

但是某些名词如 *agʷn-os“lamb”或 *snus-os“daughter-in-law”不是从确立的词根派生出来的。

词根扩展是向词根的结尾增加一或两个声音，经常是塞音，而不改变它的意义。例如 *(s)teu-“to push, hit, thrust”，我们可以重构

这些扩展的来源未知。