学校以
林学、
风景园林学、
林业工程为特色，以资源、生态和环境类学科为优势的多科性大学。现有8个
博士后流动站、8个博士学位授权一级学科、24个硕士学位授权一级学科和18个硕士专业学位授权类别。现有工程学、动植学、农业科学、材料科学和化学5个ESI全球机构学科排名前1%，林业工程1个国家一流学科，林业工程、生态学2个一级学科国家重点学科，林木遗传育种、林产化学加工工程、木材科学与技术、森林保护学等4个二级学科国家重点学科，1个江苏省一级学科国家重点学科培育点，4个江苏高校优势学科，9个国家林业局重点学科（含培育），6个一级学科江苏省重点学科（含培育）。 国家重点学科数量位列江苏省属高校前列。
学校研究生教育始于1952年学校成立之初，1978年我国恢复研究生教育以后，学校研究生教育得到了较快的发展。1981年我国实施学位制度时，学校是首批具有硕士学位、博士学位授予权的单位之一。在校研究生数3000余人，其中博士生555人，硕士生2071人，非全日制专业学位研究生近1000人。
研究生院是学校的学位与研究生教育的职能部门，从事研究生招生、培养、学籍管理、学位授予、就业、学生思想政治工作、学科建设和导师遴选等日常管理工作。研究生院设有招生办公室、培养科、学位办、学科办、专业学位教育科、党总支、分团委等工作机构，现有工作人员15名。
南京林业大学现有硕士学位授权点及授权领域90个，博士学位授权点及授权领域37个，博士学位授权一级学科7个，硕士学位授权一级学科12个，分布在
哲学、
法学、
经济学、
文学、
理学、
工学、农学、
管理学等9个学科门类。国家级重点学科一级学科1个、二级学科5个，江苏省重点学科一级学科1个、二级学科3个，
国家林业局重点学科7个。
林业工程、林学、
生物学、
轻工技术与工程和
林业经济管理、
生态学、
风景园林学、
机械工程等8个一级学科设立了
博士后流动站。同时，学校常年开展
同等学历人员申请硕士学位工作。
学校研究生指导教师队伍实力强，现有中国工程院院士2名，外聘院士7人，
国务院学科评议组成员4名，教育部“新世纪人才支持计划”6人，国家杰出青年基金获得者1人，
博士生导师100余名，
硕士生导师近400人。学校有国家级中青年科技专家13人，享受
政府特殊津贴81人，40岁以下副教授100多人，45岁以下教授30余人.
为培养具有创造性人才，学校着力注重培养目标管理和培养阶段的过程管理。规范课程教学、中期考核、文献阅读、学位论文开题、论文答辩等一系列工作。开展了教育教学软件的建设，营造学术氛围，向管理要质量。在办学条件上，学校配备有十多个研究生专用多媒体教室。研究生院党总支在研究生中开展形式多样的党团活动和政治思想教育工作，鼓励研究生参加“三助”活动和内容丰富的体育及文娱活动。