《南京师大学报（自然科学版）》创刊于1955年，季刊，是由江苏省教育厅主管、南京师范大学主办的综合性自然科学学术期刊。

1955年，《南京师院学报》创刊。

1979年，《南京师院学报（自然科学版）》得以稳定发行。

1981年，刊期由半年刊改为季刊。

1984年，更名为《南京师大学报（自然科学版）》。

2014年12月，正式入选国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《南京师大学报（自然科学版）》主要刊登南京师范大学校内外作者有关数学、物理学、化学、地理科学、生命科学、实验心理学等方面的研究论文；主要设有数学、物理学、计算机学、化学、生物学、地理学等栏目。

据2019年2月南京师范大学学报编辑部官网显示，《南京师大学报（自然科学版）》编辑委员会有23名委员、4名外籍委员。

在中国国内，该刊由中国版本图书馆发行部负责发行；在中国国外，该刊由龙源国际期刊网负责发行。

据2019年2月5日中国知网显示，《南京师大学报（自然科学版）》共出版文献3625篇。

据2019年2月5日万方数据知识服务平台显示，《南京师大学报（自然科学版）》共载文2051篇，基金论文1617篇。

《南京师大学报（自然科学版）》被CA化学文摘（美）（2014）、JST日本科学技术振兴机构数据库（日）、（2013）Pж（AJ）文摘杂志（俄）（2014）等收录，是CSCD中国科学引文数据库来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2004年版、2008年版、2011年版、2014年版、2017年版），加入了《中国学术期刊（光盘版）》、“中国期刊网”。

据2019年2月5日中国知网显示，《南京师大学报（自然科学版）》总被下载451517次、总被引17358次、（2018版）复合影响因子为0.618、（2018版）综合影响因子为0.446。

据2019年2月5日万方数据知识服务平台显示，《南京师大学报（自然科学版）》被引量为10427、下载量为65323；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，该刊影响因子为0.43，在全部统计源期刊（6735种）中排第3301名，在大学学报（自然科学）（260种）中排第112名。

《南京师大学报（自然科学版）》曾获得《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖。

2004年，学报在全国高校科技期刊评比中获得二等奖、在第二届江苏期刊方阵评选中被评为优秀期刊。

《南京师大学报（自然科学版）》坚持基础理论与应用并重的选稿方针，着重展示南京师范大学重点学科的研究成果，为社会主义现代化建设服务、为学科建设服务。

有关论文的摘要、参考文献、注释等项的书写格式，严格参照该刊近期版式；并将题目、作者名、单位、所在地、文章摘要、关键词译成英文。

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