1949年4月23日南京解放，同年6月1日成立南京市人民法院。1955年1月，南京市人民法院改建为南京市中级人民法院，法院审判办公楼现坐落于南京市鼓楼区广州路35号。全院有人员534人，正式在编人员中，本科以上学历占总人数的96%，其中博士7人，硕士113人，占总人数的23%。
1955年1月，南京市人民法院改建为南京市中级人民法院，法院审判办公楼现坐落于南京市鼓楼区广州路35号。南京中院下辖11个基层法院，22个人民法庭。南京中院审判综合大楼审判区内设法庭30个，羁押室22间，调解室14间，执行局听证室5间。
南京中院设有立案、刑事、民事、行政、未成年人及家事、审判监督及执行等业务部门14个，设有办公室、干部人事处、综合处、法官培训处、监察室、机关党委、研究室、审判管理办公室、司法鉴定处、宣传处、老干部处、司法行政装备管理处等综合部门12个，并设有司法警察支队。
南京中院在最高法院和省法院的监督指导下，紧紧围绕“让人民群众在每一个司法案件中都感受到公平正义”工作目标和“司法为民公正司法”工作主线，以深入推进“现代化、服务型”法院建设为抓手，全面加强审判执行、司法改革、司法公开、信息化建设，各项工作取得了新的进展。南京中院公开、择优选拔了30名优秀法官担任审判长，并按照“一审一书一助”的模式配置法官助理和速录员，初步形成了由审理者裁判、由裁判者负责的新型审判体系。全面推进“审判流程公开、裁判文书公开、庭审公开、执行信息公开”四大平台建设，构建“阳光司法”机制。创新开展网络预约旁听庭审，方便群众旁听。在全省法院率先建成信息集控中心，全面整合审判执行、网服中心、审判管理、信访投诉等信息化系统资源，构建集约化、一体化的信息化运行平台更好地服务人民群众。
南京中院连续两年荣立集体二等功，被确立为“全国司法公开示范法院”，并先后被评为全国法院思想政治、思想宣传、司法调研、未成年人审判、审判监督、民商事审判、知识产权审判、刑事审判及纪检监察工作先进集体。
2020年1月，最高人民法院授予南京市中级人民法院民事审判第一庭“
全国法院先进集体”称号。