南京大学环境科学研究所建于1978年。该所设有环境化学、环境生物、环境地理、地下水资源及保护等九个研究室，主要研究水体、大气、土壤、生物、噪声的环境过程与影响，并进行工程环境评价、预测、规划及污染控制、治理技术研究。

研究领域包括：重金属与有机毒物在水、土环境中的迁移与归宿，水生生态毒理学，生物监测和化学品及工业废水的的风险评价，生物净化与污水生态工程，废气及固体废物处理技术，水质模型与水环境容量，大气污染物的输送、扩散、沉积规律及边界层气象背景，地下水资源的开发和保护，噪声物理及噪声控制，城市和区域经济――环境过程模式、预测和规划，自然资源的开发、利用和保护等。

该所现有高中级科研人员72人，其中教授15人，副教授28人，高级工程师5人，讲师（工程师）24人。

获得国家、部级奖的主要项目有：江苏南部太湖地区主要城市水环境污染综合防治研究；江苏省常州市经济发展对环境影响的预测及环境保护对策的研究；江苏省常州市环境质量评价、模式和环境容量研究；四川省攀枝花市大气扩散模式及应用；攀枝花市环境质量综合评价研究；杭州湾海岸带遥感研究；江苏沿海底质重金属背景值研究；江苏仪征化纤工业联合公司环境影响评价；工业大气污染物地方排放标准的制定原则和技术方法；长江下游典型水域及汉水水系水体环境背景值调查研究；静电水处理及装置，有机污染物的环境行为及估算方法研究等。该所是国家环境保护局环境影响评价甲级证书持有单位。