南京大学城市规划设计研究院前身为创办于1985年的南京大学规划设计研究所，1995年获建设部甲级城市规划设计资质证书（证书编号[建]城规编第081153），并于同年建院，是国内综合性大学中唯一具有国家甲级资质的独立法人单位，并取得国家文物局授予的国家文物保护工程勘察设计乙级资质。
自80年以来的近三十年里，规划院植根于
南京大学的科研环境，依托南京大学的综合学科优势和城市与区域规划的学科建设，遵循“依托著名高等学府，生产与教学科研并重”的基本思路，立足“学术创新、服务教学、突出特色”的办院宗旨，积极培养城市与区域规划的专业人才；坚持城市规划工程实践与科研、教育相结合的发展思路，结合高校的特点并利用高校智力资源密集的优势，积累了丰富的实践经验，形成了很强的技术优势，培养了一支专业全面、各具特色的规划设计队伍，推动产、学、研的协同互动发展，产生了良好而广泛的社会影响。
本院下设院长办公室、总工办、财务部和各具特色的规划设计所。规划项目涵盖城市发展战略研究、城市总体规划、
城镇体系规划、详细规划与城市设计、历史文化名城保护规划、土地利用总体规划、风景园林及旅游规划、以及城市环境与生态规划、城市交通规划等专项规划。
近年本院承接的各类城市规划设计项目200多项，其中主持的国家级和省级试点项目3项；传统优势项目（包括城市总体规划、城镇体系规划、城市发展战略规划等）100多项；同时完成详细规划、城市设计、交通规划、旅游规划等70多项。规划项目遍及全国各地，包括上海、南京、杭州、哈尔滨、西安、合肥、石家庄、深圳、大连、苏州、常州、宁波、温州、嘉兴、海盐、大理、宁德、长汀、莆田、泉州、黄石、兴安盟、上饶、葫芦岛、扬州、丹阳、吴江、淮安、连云港、泰州等，引起社会很大反响和普遍好评，并多次荣获国家、省、市各级优秀规划设计奖。