南京医科大学公共卫生学院的前身可追溯到1940年的江苏医学院公共卫生教研室，是全国最早开办公共卫生与预防医学教育的院校之一。1958年起招收
公共卫生专业本科生，开始了公共卫生与预防医学专业教育。
学院目前设有
职业医学与环境卫生学系、流行病与卫生统计学系、卫生毒理学系、营养与食品卫生学系、卫生检验学系5个学系和2个中心（江苏省医药农药兽药
安全性评价与研究中心和江苏省预防医学实验教学示范中心），目前已建成“公共卫生与预防医学”一级学科博士学位授权点和
博士后科研流动站。学院现有教职员工101人，专任教师66人，其中教授15人，副教授13人，讲师20人，博士生导师9人，硕士生导师33人。学院拥有“国家级教学名师”1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，
国家杰出青年科学基金获得者1人，全国优秀博士后1人，江苏省“
333工程”培养人选5人，江苏省有突出贡献中青年专家3人。目前学院共有在校生约800人，其中包括预防医学专业本科生420名，硕士研究生110名，博士生32名，
公共卫生硕士（MPH）240名。
进入新世纪以来，学院在学科建设和专业建设方面取得显著成绩，“
劳动卫生与环境卫生学”2007年被增列为国家重点学科，“
卫生毒理学”、“
流行病与卫生统计学”2006年被遴选为江苏省十一五重点学科。2008年“公共卫生与预防医学”一级学科被遴选江苏省一级学科重点学科。在
江苏省应用毒理学重点实验室建设的基础上，建成了教育部“现代毒理学”重点实验室；“卫生毒理学”入选国家级精品课程；预防医学专业入选教育部特色专业建设点；2007年，我院申报的公共卫生与预防医学人才培养模式创新实验区成功入选国家级人才培养模式创新实验区。2008年，预防医学专业入选江苏省优秀教学团队。
近5年来，学院科学研究取得显著成绩，作为主持单位先后承担国家“十一五”科技支撑计划项目1项，国家973课题2项，国家杰出青年科学基金1项，
国家自然科学基金重点项目1项及面上项目30项，教育部科技创新重大项目培育资金项目1项，其它省部级课题及国际合作项目等20余项，共获得纵向科研经费2100余万元。获教育部高校自然科学奖一等奖1项，江苏省科技进步一等奖1项，二等奖3项，
中华医学科技奖二等奖2项。出版教材/学术专著8部，发表学术论文300多篇，其中SCI收录论文100篇。获发明专利授权3项。
学院重视国际合作与学术交流，积极选派教师、研究生出国研修、讲学、访问。近5年以来，学院共主办高层次国际国内学术会议6次；承担国际交流合作项目5项，参加国际学术会议40余人次。
以全院技术力量为依托的高技术平台－江苏省医药农药兽药安全性评价与研究中心发挥专业优势，积极开展了职业卫生技术服务、农药和医药等化学品安全性评价、保健食品毒理学安全性评价和功能学评价、水与环境危害因素检测分析等科技服务工作；同时大力开展国际合作，承接境外科技服务项目，取得了显著的经济效益和社会效益。
鉴于学院在教学、科研、科技服务等方面取得的显著成果，2006年学院荣获“
全国五一劳动奖状”。
2024年8月26日，全国教育系统评选表彰工作领导小组办公室发布《关于2024年全国教育系统先进集体和先进个人拟表彰对象的公示》其中，南京医科大学公共卫生学院入选2024年拟表彰全国教育系统先进集体名单。