十三人合议制（じゅうさんにんのごうぎせい），源赖朝死后成立的镰仓幕府集团指导体制。嘉禄元年（1225年）设置的评定众的原型。

建久10年（1199年）正月13日源赖朝突然去世，嫡子源赖家在20日仅18岁时被任命为左中将，26日朝廷下达了守护各国的宣言，作为第二代镰仓殿继承了赖朝的官职。赖家接受大江广元等人的辅佐执行政务，但是4月12日赖家被禁止直接裁决诉讼，根据13名有力人士的合议决定了此事。《吾妻镜》中列出了赖家无视以往惯例随意判断的小故事，但真伪不明。对于建立赖家主导政治的赖朝亲信（大江广元、中原亲能、梶原景时）来说，其他有势力的御家人的不满和反对也是主要原因。更甚的是，4月1日问注所移到将军御所外，由于其记述的不自然性，《吾妻镜》也有可能是从赖朝时代开始肆意判断的事实。

另外，一般认为引入合议制是抑制赖家独裁，但是史籍没有13人全体合议的例子，而是参考数人的评议结果，赖家做出最终判断的政治制度，有人认为这是为了补充赖家的权力。

正治元年（1199年）梶原景时下台，正治2年（1200年）安达盛长和三浦义澄病死后，合议制解体，赖家政权也在权力斗争的最后崩溃。