北京市第六中学的前身是1923年创立的私立华北中学，
蔡元培担任学校的首任校长。
1937年，“
七七事变”爆发，
北平沦陷。1940年，当局改“私立华北中学”为“市立第六中学”，只收男生，从此成为“男六中”。男六中是北平很有名望的学校，老师们知识渊博、经验丰富。
1949年，北平和平解放，六中逐步发展成为一所党领导下的社会主义新型学校。1961年9月，根据教育部“选定一批重点学校作为提高教育质量骨干校”的精神，
北京市教育局对原重点学校做了调整，北京六中仍位列市重点校行列。
1964年，
康生直接插手，确定六中为“四清”运动中全国唯一的一所中学试点单位，被扣上“天安门旁的白色据点”“国民党支部”等罪名，随之而来的
无产阶级文化大革命更使六中蒙受了巨大灾难。1968年，六中开始招收女生。
1999年，随着西城区教育资源的重新优化整合，北京市第六中学和
北京市第二十八中学合并为
北京市长安中学。2004年，最终并入
北京一六一中学。