北京大学创新药物研究院于2009年3月成立，该研究院是整合药学、基础医学、生命科学、化学、计算机科学等学科的优势资源而成立的研究机构。它的成立促进中国医药卫生事业的发展，解决十三亿人口的用药问题。

北京大学创新药物研究院于2009年3月成立，她是北京大学在“天然药物及仿生药物国家重点实验室”的基础上，整合药学、基础医学、生命科学、化学、计算机科学等学科的优势资源而成立的研究机构。 由北京大学常务副校长柯杨出任院长，管理、协调研究院工作；同时成立了由国内外资深院士、知名科学家和企业家组成的学术委员会，韩启德院士任主任委员，制定发展目标，把握发展方向；成立由国内外知名科学家组成的技术委员会，张礼和院士任主任委员，对具体项目实施提供技术指导。

经过三年的建设与运行，北京大学创新药物研究院系统构建了从新药发现到新药开发的整个技术体系，建立了国际先进的药物靶点发现与确认、药物高效筛选、新药设计与优化、样品高效制备与样品库、药效学评价、药物安全性评价、药物制剂与释药系统研究、药物代谢与药代动力学研究、药物质量标准研究、药物中试等10个单元技术平台。发现2个药物新靶标，并以此发现了新的候选药物；取得10项新药临床批件、2项新药证书，发现一批活性先导化合物和候选药物；完成了60多项国家药品标准的建立和修订。为我国创新药物的发现和研发提供了一个系统完整、技术先进的平台，成为我国新药研发体系的重要组成部分。同时也培养和输送了一大批硕、博士人才。

为了促进我国医药卫生事业的发展，解决十三亿人口的用药问题，满足人民群众的健康需求，同时促进我国医药产业的发展，实现我国从“医药大国”向“医药强国”的转变，我国政府于2008年8月全面启动了 “重大新药创制”科技重大专项。 　北京大学抓住承担国家重大新药创制科技专项“综合性新药研究开发技术大平台”建设的重要机遇成立了“北京大学创新药物研究院”。

1985年11月，天然药物及仿生药物国家重点实验室筹建，1987年12月通过验收并向国内外开放；

2009年3月，北京大学创新药物研究院成立；

2009年9月，北京大学药学院天然药物及仿生药物国家重点实验室焦宁副教授课题组近日在国际著名期刊《Angewandte Chemie International Edition》(2009, 48, 7094-7097，影响因子10.879)发表题为《Direct Transformation of Methyl Arenes to Aryl Nitriles at Room Temperature》的论文。由于该篇论文研究内容的重要性，该论文被评选为Hot Paper(热点文章)，并被Synform评论介绍；

2009年10月，北京大学医学部药学院教授，天然药物及仿生药物国家重点实验室学术委员会主任张礼和院士喜获“Nagai-Hisamitsu 杰出科学家奖”；

2009年11月，北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室焦宁课题组最近在国际著名期刊《Angew. Chem. Int. Ed.》（2009, 48, 4572-4576，影响因子10.879）发表论文，题目为《Indoles from Simple Anilines and Alkynes: Palladium-Catalyzed C-H Activation Using Dioxygen as the Oxidant》。由于该篇论文研究内容的重要性和涉及热点领域，论文被评选为 Hot Paper（热点文章），并且被 Synfact 收录 (Synfact, 2009, 8, 846)，同时被“Nature China ”(自然中国)评论介绍；

2010年1月，北京大学创新药物研究院因综合性创新药物研究开发技术大平台岗位需要，现面向社会公开招聘研究人员；

2010年5月4日上午，由北京大学创新药物研究院天然药物及仿生药物国家重点实验室与广西壮族自治区北海食品药品检验所联手的“北部湾药用生物资源开发联合研究室”揭牌成立。

2010年7月，肖苏龙老师荣获“第十届全国青年药学工作者最新科研成果交流会”优秀论文一等奖；

2011年2月，来自美国加州大学圣地亚哥分校，北京大学，北京毒物药物研究所等处的研究人员研发了一种新合成分子模式工具，并利用这种工具探讨脯胺酸及四胜肽在XIAP调节肿瘤细胞凋亡上所扮演的构造及功能的角色，这对于了解癌细胞生长，以及研发新的抗癌药物，具有重要意义。这一研究成果公布在《Experimental Biology and Medicine》杂志上。

2011年6月13日，由北京大学创新药物研究院天然药物及仿生药物国家重点实验室、中国生物物理学会、北京生物工程学会、南开大学药物化学生物学国家重点实验室(筹)、南开大学元素有机化学国家重点实验室、清华大学生命科学院等单位共同举办的“首届核酸蛋白药物研发国际研讨会”在北京会议中心召开。

2011年9月，科技部发布了《国家重点基础研究发展计划（973计划）2011-2012年项目立项的通知》，北京大学创新药物研究院叶新山教授作为首席科学家申报的《肿瘤的糖化学生物学前沿研究》经过数轮评审，在激烈的竞争中脱颖而出，最终获得立项。这是我室获得的首个973计划重要科学前沿领域项目，也是医学部在973计划重要科学前沿领域的第一个项目。

2011年11月，天然药物及仿生药物国家重点实验室叶新山教授等人申报的“基于糖类的药物先导化合物的发现和优化研究”项目获得2011年中国药学会科学技术一等奖。在11月5日在山东烟台举行的2011年中国药学大会暨第11届中国药师周会议的开幕式上，全国人大常委会副委员长、中国药学会理事长桑国卫院士亲自为北京大学创新药物研究院叶新山教授颁奖，这是本年度唯一的一个一等奖获奖项目。

2011年11月13日，由中国化学会、国家自然科学基金委员会主办，南京大学、江苏省化学化工学会承办的“中国化学会第七届有机化学学术会议”在南京国际展览中心举行。开幕式上颁发了中国化学会有机化学奖，北京大学创新药物研究院张礼和院士荣获有机合成发展促进奖，以表彰他为促进中国有机合成化学的发展所做出的杰出贡献。

2012年2月13日，北京大学创新药物研究院成立3周年庆典暨北京大学、台湾大学、香港大学、澳门大学成立中华创新药物联合研究中心签约仪式在北京大学医学部举行。新成立的中华创新药物联合研究中心将推动四校在新药研究领域的强强合作。