北京同仁堂研究院（以下简称研究院）成立于2006年12月，是直属于
中国北京同仁堂（集团）有限责任公司并直接服务于两个上市公司和国药公司的研发组织管理机构和科研平台，能够独立承担中药制剂、食品、保健食品的开发和新技术应用的研究，中试中心基本具备了丸剂、片剂、颗粒剂的试验和转化能力。
是同仁堂发展战略和“1032”工程的重要组成部分，主要由两个上市公司的研究所组成，还包括一个国家工程中心和集团公司
博士后科研工作站。现有员工68人，具有高级职称人员24名，博士3名，硕士3名。其中科研人员35名，管理人员21名，科研服务人员8名，中试人员4名，设有4个管理部，6个研发室和一个1中试中心，
12月28日，由北京同仁堂和中国中医科学院等单位合作组建的“中药复方新药开发国家工程研究中心暨北京同仁堂研究院”举行落成典礼。国家中医药管理局副局长
于文明、国家发展和改革委员会副司长刘艳荣、北京市药品监督管理局局长冯国安、北京市科学技术委员会主任马林、中国中医科学院党委书记李怀荣、副院长刘保延等国家部委和北京市有关部门的领导、集团公司董事长殷顺海、党委书记田大方、总经理梅群等出席。
新落成的
中药复方新药开发国家工程研究中心和北京同仁堂研究院是国家发改委在中药领域首批批准建设的四个国家工程中心之一，是科研机构和企业有机结合的范例。它由
中国中医科学院、中国北京同仁堂(集团)有限责任公司、
北京华昱安然医药科技有限公司、
哈药慈航制药股份有限公司四家单位联合组建，主要以中药复方新药研究开发为重点。为了进一步整合企业内外部科技资源，充分发挥中国中医科学院和北京在科研、医疗、人才等方面的优势以及同仁堂在品牌和市场上的影响力，经北京市的全力推动，同仁堂集合旗下两个研究所和一个博士后工作站与工程中心共同组建了北京同仁堂研究院，并以此构建同仁堂集团的科技创新体系，实现了北京中医药科技资源与产业资本的有效对接，它将以科研为动力、以市场为导向、以企业为基础，进行开发、研究、创新，形成完整的科研成果转化为产品的研发体系。
同仁堂研究院总投资1亿元，建筑面积16000平方米，主体科研楼四层，其中一层为同仁堂中试车间(多剂型试验与生产中心)；二层为同仁堂研究院药学部、博士后科研工作站；三层为中药(复方)新药开发国家工程研究中心(
北京中研同仁堂医药研发有限公司)，包括现代化的植化实验室、普通制剂实验室、经皮给药制剂实验室、仪器分析室、药理实验室；四层为按GLP要求设计的
实验动物房、新药临床研究室、中药研发信息研究室、培训中心、会议室及学术报告厅。
落成后的工程研究中心将进行中药新药和保健食品的研究开发，上市药品的二次开发以及中药新药的临床研究等；同仁堂研究院则将通过健全同仁堂技术创新体系，整合同仁堂内外部科技资源，对中药生产的关键工艺技术实现突破，全面提升同仁堂的工艺工程化水平，实现同仁堂产品结构调整和产业化升级，进而推动北京中医药产业健康、快速发展。在落成典礼举行前，还举行了“中药复方新药开发国家工程研究中心暨北京同仁堂研究院”落成典礼的新闻发布会，向北京新闻媒体介绍北京同仁堂研究院的组织和功能。