中药复方新药开发国家工程研究中心是依托北京中研同仁堂医药公司的研究机构，是国家发展改革委在中药领域布局建设的四个国家工程研究中心之一。

2006年12月28日，中药复方新药开发国家工程研究中心暨北京同仁堂研究院在北京举行落成典礼，国家发展改革委高技术司、国家中医药管理局等有关方面领导出席并讲话。

中药复方新药开发国家工程研究中心是国家发展改革委近期在中药领域布局建设的四个国家工程研究中心之一，是以中国中医科学院和中国北京同仁堂有限公司为主体，联合北京华昱安然医药科技有限公司和哈药慈航制药股份有限公司，按照股份制的组建模式而建立的具有法人资格的工程中心。工程中心的建设旨在针对部分重大疾病和中医药具有优势的病种，在挖掘传统古方和临床验方、天然药物筛选等基础上，采用现代科学技术手段，研发疗效突出、剂型合理、具有自主知识产权的中药复方新药，为中药产业的现代化提供支撑。

该中心自2004年批准建设以来，以“科技成果产业化、运行机制企业化、发展方向市场化”为核心，采用机制创新与技术创新并重的方针，已逐步形成了以中药复方创新产品的设计、筛选、研发、中试、临床研究、成果转化等为一体的研究开发体系。中心落成并转入全面运行后，将成为代表我国水平的现代复方中药研究、开发和试验基地，成为行业科技成果与高新技术的集聚地和扩散源，带动和促进行业技术进步，推动中药产业结构调整和优化升级。