北京交通大学威海研究院由威海南海新区管理委员会和北京交通大学共同举办，2022年1月经威海市行政审批服务局登记为事业单位法人。研究院旨在充分发挥威海市的产业、环境优势与北京交通大学及北京交通大学威海校区的教学、科研、人才等优势，加快北京交通大学科研成果向地方转移转化，推动威海南海新区创新驱动发展。

2021年6月20日，威海市政府与北京交通大学在南海新区举行共建北京交通大学威海研究院签约仪式。北京交通大学威海研究院纳入威海市“1+4+N”创新平台体系，充分发挥北京交通大学“双一流”高校学科综合优势，建设高水平科研实验室,组建协同创新团队，开展合作研究、技术服务和科技成果转移转化，为威海市的创新发展提供科技支撑。

2022年1月经威海市行政审批服务局登记为事业单位法人。

2023年12月8日，国家自然科学基金委员会下发通知，批准北京交通大学威海研究院为国家自然科学基金依托单位，这标志着研究院具备了独立申请和承担国家自然科学基金项目的资格，是研究院科研工作的新突破。

2024年7月19日，北京交通大学威海研究院与威海市科技成果转让促进会签署《科技成果转化战略合作协议》。

该研究院立足满足社会需求、服务地方发展，为北京交通大学高水平科研团队入驻威海提供良好的科研环境，不断提高北京交通大学的科研实力，为北京交通大学威海校区研究生培养和本科生创新能力培养创造优良环境，走与北京交通大学威海校区功能互补、相得益彰、协调发展办院之路。

研究院的宗旨是开展高层次人才培养和科学技术研究，促进威海南海新区等区域经济发展。依托北京交通大学科研优势，围绕交通运输、电子、通信、计算机、环境工程与科学、经济管理等相关领域，承担国家、省部级科研项目及企业产品研发项目，进行科学研究、技术研发与中试、科技成果转移转化、社会培训、高校研究生和本科生社会实践基地建设等工作，推动科技创新事业在威海的发展。

研究院将以国家战略和市场需求为导向，主要从事科学研究、人才培养等相关工作。依照教育部和北京交通大学相关规定，提供教职工、研究生办公和科研实验平台所需要的基本环境，同时为大学生创新创业实践项目提供实践环境。研究院作为纽带和桥梁，推动北京交通大学科研成果转化和相关技术产业化，促进区域经济发展。通过搭建开放的产学研合作和高水平创新平台，吸引国内外专家学者、科研院所、上下游企业聚集，为南海新区及威海市的经济社会发展提供人才助力、科技动力及资本储能。