属动质体目Kinetoplastida（具1～2根鞭毛，所有的成员都有一动质体，常与根丝体相连，其中含有DNA，位于大的延伸的线粒体内，身体一侧有波动膜）。生活史有前鞭毛体（promastigote）和无鞭毛体（amastigote）两个时期。前者寄生于节肢动物（白蛉）的消化道内，后者寄生于哺乳动物或爬行动物的细胞内，通过白蛉传播。对人和哺乳动物致病的利什曼原虫有：引起人体内脏利什曼病的为
杜氏利什曼原虫Leishmania donovani，引起皮肤利什曼病的为
热带利什曼原虫Leishmania tropica和墨西哥利什曼原虫Leishmania mexicana，引起粘膜皮肤利什曼病的为巴西利什曼原虫Leishmania araziliensis等。我国的黑热病是由杜氏利什曼原虫引起的。杜氏利什曼原虫的无鞭毛体主要寄生在肝、脾、骨髓、淋巴结等器官的
巨噬细胞内，常引起全身症状，如发热、
肝脾肿大、贫血、鼻衄等。在印度，患者皮肤上常有暗的色素沉着，并有发热，故又称Kala-azar，即黑热的意思。因其致病力较强很少能够自愈，如不治疗常因并发病而死亡。解放前，全国黑热病患者较多。主要流行于长江以北广大地区，为我国
五大寄生虫病之一。解放后在党的领导下，在各流行区建立专门的防治机构，发动群众从治病、消灭病犬和白岭子三方面进行防治。现已在全国范围内基本上控制了黑热病的流行。
动质体目锥虫科锥虫属。体呈柳叶状，运动胞器是唯一的一根鞭毛。寄生在血液中的鞭毛虫，其鞭毛与虫体之间连成为波动膜，借以增强在粘滞性较高的血液中的活动能力。细胞核 1个。体内有一称作动基体的特殊细胞器，位于锥虫体内唯一的线粒体内,含有丰富的DNA，谓之动基体DNA（KDNA），能自我复制。动基体的确切功能至今不明。繁殖方式为二分裂。种类多，分别寄生在各种脊椎动物（鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类）的血液和组织液中。有个别种类如
枯氏锥虫则寄生在人的细胞内。除马媾疫锥虫是通过交媾直接传播外，所有寄生在脊椎动物的锥虫均要依赖某些昆虫（如采采蝇等）进行传播。带有锥虫的脊椎动物血液被媒介动物吸食后，锥虫因生活环境改变，在媒介动物消化道中依次经过无鞭毛体或前鞭毛体上鞭毛体和后循环锥鞭毛体几个不同的发育阶段。在媒介动物中只有这种后循环锥虫对宿主才有感染力。当媒介再次叮咬宿主时，便把后循环锥虫输入宿主体内。伊氏锥虫在媒介消化道中不进行任何发育，它靠媒介在吸血后短时间内作机械传播。锥虫主要通过胞饮作用从宿主获得营养。所有锥虫均可在体外连续培养。锥虫是人和家畜重要的寄生虫之一。按其传播方式可分为两大类：①粪便型，通过被后循环锥虫污染的粪便传播;②唾液型,后循环锥虫经唾液腺传播。对人有严重致病作用的锥虫有：
罗得西亚锥虫、冈比亚锥虫、枯氏锥虫等。前两者主要流行于非洲各地，引起所谓非洲睡眠病；后者主要分布在南美洲（特别是巴西），引起
美洲锥虫病，即夏格氏病。中国至今还没有发现人体锥虫的病例。对家畜有严重致病作用的锥虫有布氏锥虫、活泼锥虫、刚果锥虫、伊氏锥虫和马媾疫锥虫等。前三者主要流行于非洲，中国尚无记载。伊氏锥虫在中国分布甚广，牛、马
伊氏锥虫病即所谓苏拉病，在中国南方各省流行相当严重，造成大批家畜死亡。由于锥虫存在抗原变异的特性，至今仍未获得有效的疫苗。寄生家畜的布氏锥虫和寄生鼠的路氏锥虫是实验室常用的研究材料。
是寄生在人体阴道和泌尿道的鞭毛虫，主要引起
滴虫性阴道炎和尿道炎，是以性传播为主的一种传染病。体呈梨形，长为10～30μm，头部有4根与虫体等长的鞭毛。生活史仅有滋养体阶段而无包囊阶段。活体呈无色透明，有折光性，体态多变，活动力强。固定染色后呈梨形，体长7～23mm，前端有一个泡状核，核上缘有5颗排列成环状的基体，由此发出5根鞭毛；4根前鞭毛，1根后鞭毛。1根轴柱，纤细透明，纵贯虫体，自后端伸出体外。体外侧前1/2处，有一波动膜，其外缘与向后延伸的后鞭毛相连。虫体借助鞭毛摆动前进，以波动膜的波动作旋转式运动。胞质内有深染的颗粒，为该虫特有的氢化酶体。滋养体主要寄生于女性阴道，尤以后穹窿多见，偶可侵入尿道。男性感染者一般寄生于尿道、前列腺，也可侵及睾丸、附睾及包皮下组织。虫体以纵二分裂法繁殖。滋养体既是繁殖阶段，也是感染和致病阶段。该虫通过直接或间接接触方式在人群中传播。
属超鞭毛目Hypermastigida。本目是动鞭亚纲中结构最复杂的一类，虫体鞭毛数目极多，成束排列或散布在整个体表，是白蚁、蠊及一些以木质为食的昆虫消化道内共生的鞭毛虫。寄主为超鞭毛虫提供了食物及居住场所，超鞭毛虫可把寄主肠道内的纤维素分解成可溶性的糖，以供寄主吸收。杀死寄主肠内共生的超鞭毛虫，寄主则不能利用木质，以致被饿死。昆虫如果由于脱皮而失去共生的鞭毛虫，可以通过取食鞭毛虫的包囊，或者通过舐食同类昆虫的粪便而重新获得它们。所以超鞭毛虫的生活史常与寄主脱皮激素产生的周期相关。另外，超鞭毛虫是动鞭亚纲中唯一被证明具有有性生殖的种类。除寄生在白蚁肠道中的披发虫外，还有寄生于蠊肠道内的缨滴虫。