蛋白质含有的氨基酸之所以会有不同，与蛋白质的来源有很大的关系。蛋白质主要来源于动物性食物与植物性食物，动物性蛋白质和植物性蛋白质所含的氨基酸是不同的，这即意味着它们的营养价值也有差异。
动物性蛋白质主要来源于禽、畜及
鱼类等的肉、蛋、奶。其蛋白质构成以
酪蛋白为主(78～85%)，能被成人较好地吸收与利用。更重要的是，动物性蛋白质的
必需氨基酸种类齐全，比例合理，因此比一般的植物性蛋白质更容易消化、吸收和利用，营养价值也相对高些。一般来说，肉类（如
鱼肉、
牛肉）蛋白质和
奶类中的蛋白质，其
氨基酸评分均在0.9～1.0的水平。
从蛋白质的来源划分,动物蛋白
EAA含量高,
植物蛋白NEAA含量高。2，以植物蛋白为主的膳食对健康人增加
肾小球滤过率(GFR)作用低于动物蛋白，说明植物蛋白增加GFR的作用低于动物蛋白。这可能与动物蛋白内的
甘氨酸、
丙氨酸、
精氨酸、
脯氨酸的含量有关,因为这些氨基酸有增加GFR和
肾小球血流量的作用。
动物蛋白是指家禽和
禽肉食品，由于营养丰富、味道鲜美、食用广泛，是人类重要食品之一。研究证明，在以
食谷类的人群中，有不易吸收动物蛋白的倾向，如鸡蛋就有近一半的蛋白质不能被人体吸收和利用。动物蛋白中含有大量脂肪，易引起肥胖，给人增添
病源。动物试验表明，食动物蛋白的动物发育成长快，但寿命短。而食
植物蛋白的动物发育慢，但寿命长，耐力好。如在牛奶里加入适当的比例大豆
硒蛋白，就可充分发挥蛋白质的互补作用，使人体获取均衡、适量的氨基酸，大大提高牛奶的营养和生理价值。