剧场版《魔法的禁书目录：恩底弥翁的奇迹》是《魔法的禁书目录》系列动画的第一部电影动画，台湾木棉花国际译名《魔法禁书目录剧场版-恩底弥翁的奇迹》。作为ASCII Media Works创立20周年的纪念作品，于2013年2月23日上映。该剧场版是由原作者镰池和马担当故事原案和构成的完全新作，讲述在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护艾丽莎相遇，然而艾丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。

《魔法禁书目录》系列电视动画的第1期和第2期分别在2008年和2010年播放并业已完结。2011年10月2日，动画官网上宣布剧场版《魔法禁书目录》的制作决定，2012年8月10日制作方正式公布了该剧场版的全称《魔法禁书目录 恩底弥翁的奇迹》，剧场版动画于2013年2月23日在全日本29个影院上映（3月9日又增加到7个、4月6日则扩大到45个、5月25日又增加11个）。在日本国内，剧场版上映9日票房便突破2亿日元，上映16日（3月14日）则突破3亿2千万日元，到4月3日已经突破4亿日元，最终票房收入为4.98亿日元。

2013年8月9日，剧场版动画的TV特番（前22分钟+预告总集篇）在AT-X和TOKYO MX等电视台播出。剧场版动画的Blu-ray和DVD于2013年8月28日发售，首周销量约4.6万。2014年1月5日和11日，剧场版动画在电视台AT-X上全篇初放送。

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女鸣护艾丽莎相遇了。

茵蒂克丝与艾丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉率领着秩序维护部队开始了行动。

上条与茵蒂克丝还有艾丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。”

在科学与魔术魔法交汇之时，以“恩底弥翁”为舞台的故事开始了！

星轨之门公司所研发的“猎户座号”太空飞机在平流层中遭遇太空垃圾，导致引擎损毁，迫降在学园都市第23学区，根据媒体报道，机上包含机组员在内的88名人员皆平安无事，因此被称为“88的奇迹”并在飞机坠毁处设置纪念碑。

实际上机长本人为了坚守岗位而不幸殉职，但由于艾丽莎的诞生而使人数吻合，再加上媒体大力宣传“奇迹”，而使机长的牺牲被人忽视，也因此让莎特奥拉对“奇迹”一词极度抗拒。

由星轨之门公司公司与建的太空电梯，目的为让雷蒂丽登上太空杀死自己的根基，在莎特奥拉引发的爆炸下而使恩底弥翁上半部崩坏后被破坏。名字取自希腊神话埃特里俄斯俊美的儿子恩底弥翁(Endymion)。

也是希腊神话中可以让食用者永生不死的黄金苹果之名。

网络广播《剧场版　某广播的禁书目录》于2012年10月31日起隔周三播放，2013年1月9日起每周三播放，由剧中茵蒂克丝的声优井口裕香和御坂美琴的声优佐藤利奈担当主持。

剧场入场先着特典·电击剧场文库《魔法禁书目录 Road To Endymion（とある魔术の禁书目録 ―ロード トゥ エンデュミオン―）》由原作者镰池和马执笔，10万3000册限定。

于2013年2月21日发售的PSP游戏《某魔术和科学的群奏活剧》中的“科学（表）”篇是剧场版的前传。