电视动画片《魔法禁书目录》改编自镰池和马著作的同名轻小说作品。在2008年6月10日发售的《电击文库MAGAZINE Vol.2》上，发表了《魔法禁书目录》动画化的消息。该片由J.C.STAFF负责制作，于2008年10月4日起播出，全24集；第二季《魔法禁书目录Ⅱ》于2010年10月8日起播出，全24集；第三季《魔法禁书目录Ⅲ》于2018年10月5日起播出，全26集。剧场版动画《魔法禁书目录 恩底弥翁的奇迹》于2013年2月23日在日本上映。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

电视动画《魔法禁书目录》及其外传《科学超电磁炮》 剧中现实舞台是在日本的多摩市和立川市，剧中场景大都以多摩中心车站周围与立川车站周边的景观为模型。多摩市和立川市的11个自治体和市民团体曾组成“多摩地域フィルムコミッション连络会”，并精心制作了《圣地导览》地图，并于在2011年1月15日公开免费发放。这份地图的正式名称为《学园都市広域详细地図》，粉丝昵称《学园都市MAP》，每日限定发放2000份，共计20000份，每份都有其编号，从御坂00001号到御坂20000号。在特点动画《茵蒂克丝炭4》中白井黑子也提及这份了《圣地导览》。