农业环境污染主要指过度施用化肥、农药造成的土壤污染，焚烧秸秆造成的环境污染和土壤氮、磷、钾的缺失，大量畜禽粪便对水体的污染，新兴的温室农业产生的塑料等废弃物对环境的污染等。
在农药污染防治方面，除在生产过程中严格执行国家有关标准和规定外，还应当注意：①通过对各种病虫害发生规律的调查研究，及时预报，抓住防治关键时期适时用药，减少用药次数。②研究推广先进喷雾技术，改进农药剂型，开发使用高效、低毒、低残留、易分解的农药，提高防治效果，降低施药量，减少农药残留。③推广采用农业防治、物理防治、生物防治、人工防治、营养防治、生态防治，这样可大大减轻农药的污染。④对农药残留超标的农田，改为制种田或改种
经济作物、花卉、苗木，减少对粮食、蔬菜的危害，保护人体健康。
①防止化肥污染，不要长期过量使用同一种肥料，掌握好施肥时间、次数和用量，采用分层施肥、深施肥等方法减少化肥散失，提高肥料利用率。②化肥与有机肥配合使用，增强土壤保肥能力和化肥利用率，减少水分和养分流失，使土质疏松，防止土壤板结。③进行测土配方施肥，增加磷肥、钾肥和微肥的用量，通过土壤中磷、钾以及各种微量元素的作用，降低农作物中硝酸盐的含量，提高农作物品。④制定防止化肥污染的法律法规和无公害农产品施肥技术规范，使农产品生产过程中肥料的使用有章可循、有法可依，有效控制化肥对土壤、水源和农产品产生的污染。
土壤一旦遭受重金属污染，恢复起来很难，因此要以防为主，防治结合，严格控制和消除污染源。对于已经污染的土壤，要采取一切措施，阻止重金属进入食物链，影响人体健康。①严格执行国家有关法律、法规和标准，进行经常性监测，做好基本农田保护，防止
重金属污染土壤。②在已经污染的土壤上，选择种植抗性强、富集量小或不进入食物链的农作物。如玉米不易吸收残留重金属且有较大抗性，瓜果类和根茎类蔬菜对重金属吸收残留较小，可能选择种植。或改为制种田或改种其他经济作物，如棉花、花卉、苗木等。③通过施用碱性肥料提高土壤PH值，使重金属生成沉淀，或者施用有机肥及抑制剂，使重金属形成络合物，降低其有效态含量。④采取各种农业措施，调节土壤氧化还原状态，促进重金属迁移转化，减少重金属危害。
由于这类污染物来自工业“三废”和
城市生活垃圾、生活污水的不合理排放，因此，严格按照国家有关法律、法规，及时处理工业“三废”和生活垃圾、生活污水，做到达标排放，控制污染物进入农业环境才是最根本的解决办法。在农业生产中，特别是
无公害农产品生产过程中，禁止进行污水灌溉和使用农用污泥，也是保护农业环境和农产品质量的重要措施。