《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》是内蒙古高校中创办最早的学报，也是内蒙古创办最早的科技期刊。

1957年，《内蒙古畜牧兽医学院院刊》创办，后停刊。

1965年，复刊，刊名定为《教学与科研》，学报日常工作设在教务处科研科。

1967年，《教学与科研》出版2期后停刊。

1980年，复刊，更名为《内蒙古农牧学院学报》，为半年刊。

1986年12月被批准在中国国内公开发行，期刊登记号为内蒙古自治区期刊出期字第102号。

1987年，经重新登记后，《内蒙古农牧学院学报》国内统一刊号为CN15-1062。

1990年12月，被批准在中国国内外公开发行，同时改为季刊发行。

1999年，原内蒙古农牧学院和原内蒙古林学院合并成立内蒙古农业大学，学报更名为《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》。

2014年11月，学报入选原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》设有“动物科学与医学”、“生态环境科学”、“植物品种资源”、“生物工程”、“食品工程”、“林业科学”、“植物保护”、“园艺科学”、“水利与土木工程”、“机电工程”、“林业工程”、“计算机及其应用”、“基础科学”等栏目；主要读者对象是中国农业高校的师生、中国国内外各科研单位的科技人员以及各级农牧业技术干部。

据2018年10月学报官网显示，《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》编委会委员共有29人，设主任委员1名、副主任委员2名、主编1名、副主编1名。

据2018年10月25日中国知网显示，《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》共出版文献4986篇。

据2018年10月25日万方数据知识服务平台显示，《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》共载文2600篇。

据2018年10月25日中国知网显示，《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》总被下载608159次、总被引29589次、（2018版）复合影响因子为0.526、（2018版）综合影响因子为0.375。

据2018年10月25日万方数据知识服务平台显示，《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》被引量为15941、下载量为90956；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，学报影响因子为0.384、在全部统计源期刊（6216种）中排第3623名。

《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》被CA化学文摘（美）（2014）、北京大学《中文核心期刊要目总览》（2008年版、2011年版、2017版）收录；被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国学术期刊（光盘版）》、《万方数据—数字化期刊群》、《中国科技期刊数据库》、《中国生物学文献数据库（CBA）》、《中文科技期刊数据库（全文版）》、《华艺》中文电子期刊全文收录；为《中国科技论文统计与分析》和《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》统计刊源；被《中国农业文摘》、《中国生物学文摘》、《全国报刊索引》、《中国农业资源环境文摘》、《中国畜牧兽医文摘》、《中国粮食经济作物文摘》、《中国林业文摘》等文摘刊物作为收录期刊。

《内蒙古农业大学学报》刊徽上有四种文字，外环上端为英文印刷体“Inner Mongolia Agricultural University”；外环下端为采用毛泽东同志手书体拼成的“内蒙古农业大学”中文字样；内环衬地图案字为蒙古文印刷体“内蒙古”；中心字样是变形似奔马的汉语拼音“Nong ye da xue”（农业大学）的两个拼音字头“n”“d”（农大）。

刊徽中心图案创意为一笔疾书而就，代表“农大”的“n”“d”两个字母，构成了一匹求神似而不刻意追求形似的奔马造型，象征着内蒙古农业大学蕴蓄着跨越新世纪巨槛的勃勃生机，奔腾向前，进入了飞速发展的新天地。

背景的绿色与奔马又寓意着内蒙古农业大学的农、林、牧三大学科专业。同时，整个刊徽又以奔马、草原、蒙古文字图案形成浓重的民族风格。

刊徽在设计中把握了明快、简洁、出新、重民族地区特色的原则。色彩选择上用了内蒙古的草原和蓝天色为主色调，意在让《内蒙古农业大学学报》在中国国内外的读者们从刊徽上感觉到一点内蒙古明丽如歌、秀美如画的自然风光。

《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》以贯彻“双百”方针，坚持少数民族地区农业高校的办刊特色，促进学术交流，促进教学、科研和生产的发展，为内蒙古自治区的社会主义经济建设服务为办刊宗旨。