关节囊的壁共有两层：
外层为纤维层；内层为滑膜层。
纤维层实际上是一个连结骨的骨膜向另一骨骨膜的移行。纤维层厚而坚韧，由致密结缔组织构成，含有丰富的血管和神经。其浅层纤维多呈纵行排列；深层纤维主要为环行纤维。纤维层的厚薄，各个关节不完全相同，即是在同一关节中，各部也不一致一般在运动范围小的或是负重较大的关节中，都较厚而紧张，相反，于运动灵活的关节，则较薄而松弛。有的关节囊的部分纤维囊缺如，仅一层滑膜层；有的部分明显增厚，形成韧带。滑膜层薄而柔润，是由疏松结缔组织构成，衬在纤维层内面，周缘附着在关节软骨的边缘。它朝向关节腔的内面光而发亮，此面上盖有一层内皮细胞。滑膜向关节腔分泌滑液，滑液是稍粘稠而透明的液体，可减少关节中相连骨的摩擦，是一种滑润剂。滑膜表面可形成绒毛或皱襞突入关节腔内。有时滑膜层可以穿过纤维层呈囊状向外膨出，形成滑膜囊，常位于肌腱与骨面之间。有时滑膜层突出不明显，仅呈深窝状，称为囊状隐窝。
肘部三个关节在一个共同的关节囊内。关节囊在上方附于肱骨下端的关节软骨边缘、两上髁基底、鹰嘴窝及冠突窝的上缘，下方附于尺骨上端的鹰嘴、冠突和桡骨小头的关节软骨边缘以及桡骨环状韧带。关节囊前后松弛而薄弱，有利于肘关节的屈伸运动。关节囊的两侧纤维增厚，构成桡和尺侧副韧带。由于肘关节的两侧壁肥厚坚强，而前后壁薄弱，故易发生肘关节前后脱位。
在肘关节囊的里面除滑车、肱骨小头、尺骨切迹及桡骨小头覆盖透明软骨外，关节腔的其他部位均有滑膜覆盖。在皮肤与鹰嘴突之间有一大的皮下滑囊，如受累时可增大发生滑囊炎。滑膜反折在肱骨远端形成前面的冠突隐窝和后面的鹰嘴突隐窝，允许肘关节充分的屈伸运动，隐窝内有位于关节囊的外层(纤维层)与内层(滑膜层)之间的前(2个)和后(1个)脂肪垫。当关节囊积液时，前后脂肪垫可出现推压移位改变。
2、治疗关节囊肿的方法很多，但都难以彻底，均有复发的可能。保守治疗有手压法、抽液注药法或针炙法等，其中后者总有效率为94.74%，复发率为17.64%，但较确切的方法是囊肿摘除术。而传统的术式复发率仍较高关节囊肿均与关节腔相通，而把关节囊肿按“关节疝”来处理，摘除囊肿，贯穿缝合囊肿颈部，利用开口附近的筋膜、肌肉或肌腱等组织，行关节囊修补，加固囊壁，术后予坚强石膏托制动2周。这可大大降低关节囊肿的复发率。常规手术组中复发的病人，均仅行囊肿摘除而未予修补及加固缺损区治疗；修补术组中复发的案例，1例是由于囊壁周围软组织不多，囊壁修补不够牢固所致；另1例则是术后1周便自动去除石膏托，并下地行走而致。这也说明术后足够时间的石膏托外固定制动是囊壁牢固愈合的保证。要减少关节囊肿的术后复发率，可把其看成“关节疝，按“疝”的原则和方法处理，封闭开口，加固囊壁，并作坚强外固定2周。这种术式简单易行，疗效确切，值得推广应用。
关节囊形成术：如存在盂肱上、中韧带的松弛或裂隙，应先作对边缝合修补，肩胛下肌腱在小结节止点的近侧0.5厘米处垂肌纤维方向，纵型切断肌腱厚度的1/2，并向近侧游离直至越过肩盂颈部，形成肩胛下肌浅层肌瓣，深部1/2厚度的肩胛下肌连同纤维，关节囊前壁一起在肱骨解剖劲的附着部，前段下部关节囊的切断，切断下方及后部关节囊止点时，可使肩关节外旋并屈曲，易于显露和操作，应避免损伤关节囊下方的腋神经，在前关节囊壁中部，顺关节囊纤维方向，由内上向外下斜行切开，形成上下两个关节囊瓣，在肱骨解剖颈前一定做浅槽，使下方关节囊瓣向前上提拉收紧，外缘缝合固定于肱骨外斜颈骨槽内、上方关节囊瓣向前下交叉收紧，重叠加固缝合于下侧囊瓣表面，防止肱骨头向后方或前下方脱位，取肩关节内旋位，使肩胛下肌浅层肌瓣重新缝合于小结节的近侧。缝合肩峰下滑囊，且闭合切口。