共代谢作用，是指一些天然条件下并不存在的由人工合成的化学物质，例如杀虫剂，杀菌剂和除草剂等，其中有许多易被各种细菌或真菌降解，有些则需添加一些有机物作为初级能源后才能降解，这一类物质称为外生物质或异生物质，这一降解现象称为共代谢。

共代谢微生物不能从非生长基质的转化作用获得能量、碳源或其他任何营养。微生物在利用生长基质A后，同时非生长基质B也伴随发生氧化或其他反应，这是由于B与A具有类似的化学结构，而微生物降解生长基质A的初始酶E1专一性不高，在将A降解为C的同时也将B转化为D。但随即攻击降解产物的酶E2具有较高专一性，不会把D当作C继续转化。

共代谢作用（Co-Metabolism Effect），是指只有在初级能源物质存在时才能进行的有机化合物的生物降解作用。共代谢不仅包括微生物在正常生长代谢过程中对非生长基质的共同氧化（或其他反应），而且也描述了休眠细胞（Resting Cells）对不可利用基质的代谢。

所以，在纯培养情况下，共代谢只是一种截止式转化（Dead-End Transformation），局部转化的产物会聚集起来。在混合培养和自然环境条件下，这种转化可以为其他微生物所进行的共代谢或其他生物对某种物质的降解铺平道路，其代谢产物可以继续降解。许多微生物都具有共代谢能力。