六角氏，姓氏。

宇多源氏 ~佐佐木氏的起源~

近江佐佐木氏源自宇多天皇之子敦实亲王谱系“宇多源氏”的“近江源氏”一流。承平六年（公元936年）敦实亲王之子雅信降为臣籍，赐姓源氏。嫡子扶义任近江守，在近江国颇具威信。扶义之子成赖仰其父威名建居于近江佐佐木庄。后成赖之孙经方于小肋（今八日市市小肋町）构建居城并改了颇为武士化的姓氏“佐佐木”。而在佐佐木庄一带本有孝元天皇之皇子大彦命的后裔佐佐贵山氏的势力，在近江佐佐木氏发展时就他们就以佐佐贵神社为据点，打着“本佐佐木”的名号与近江佐佐木氏对抗。最终当地有力的豪强的抵抗被新兴的佐佐木氏镇压了下来，并逐渐确立了他们在近江的势力。流传的佐佐木系图一般是包含了宇多源氏系佐佐木氏和佐佐贵山氏系的佐佐木氏的。在宇多源氏流的佐佐木氏在与佐佐贵山氏系的佐佐木氏联姻后，其在近江的势力迅速扩大。

保元平治之乱 ~佐佐木源三郎秀义~

佐佐木经方之孙秀义在佐佐木庄与本佐佐木氏的争斗时期与清和源氏的家主源为义结下了密切的联系，并做了为义嫡男源义朝的臣属。为了对抗佐佐木氏，本佐佐木氏便以送人质的方式臣从于源为义，这样就形成了暂时均势的安定局面。保元元年（1156年），鸟羽上皇及其次男后白河天皇一派和崇德上皇（鸟羽天皇嫡男）的对立，这与关白藤原忠通与其弟左大臣藤原赖长的对立相互纠缠在一起，以鸟羽上皇之死为契机，崇德上皇和藤原赖长一派用源为义、源为朝父子及平忠正等人的兵力袭击了关白和天皇。天皇方则动员了源义朝（源为义之子）和平清盛（平忠正之甥 ：1118-1181年）的兵力。战斗仅仅经过一天，天皇方赢得了胜利。崇德上皇流放讃岐，藤原赖长战死，源为义和平忠正则为其子甥所杀。此即世称的保元之乱。与此同时，佐佐木秀义与本佐佐木氏也再度开始了佐佐木庄的争夺战事。后，平清盛受后白河院重用，势力急剧扩大。源义朝对此深感不满，遂于平治元年（1159年），乘平清盛朝拜熊野神宫之际举兵，囚禁了二条天皇和后白河院。政变眼看就要成功时，平清盛问讯回京，立即扭转了形势，源义朝方面彻底崩溃（平治之乱）。义朝本人逃亡东国，中途在尾张遇害。其子源赖朝（十三岁）因平清盛继母的说情得饶一命，流放伊豆。赖朝的异母弟牛若丸因未满周岁被安置在鞍马寺（即后来的源义经）。在源氏与平氏的争战中，佐佐木源三郎秀义以义朝嫡男恶源太郎义平臣属的身份奋战着。由于叛徒的出卖，源氏军队全线崩溃，多数逃往东国。平治之乱以平氏的胜利而告终。佐佐木秀义在佐佐木庄的统治三年便结束了。为了躲避追讨举家逃亡东国。自此本佐佐木氏便在平氏的庇护下成为了佐佐木庄的领主。

源平争乱 ~佐佐木兄弟的活跃~

逃离了近江的佐佐木秀义父子先是寄身于奥州的藤原秀衡之处（秀衡之妻是秀义的伯母）。后来，秀义的武勇为涉谷庄（今神奈川县高座郡绫濑町）领主涉谷重国赏识，并把女儿许配给秀义。此后秀义便在涉谷度过了二十年不为人知的日子。但在向相模迁移的过程中他曾更名为佐佐木隆盛。当时源义朝之子赖朝被平家流放到了伊豆岛。而佐佐木氏对源氏忠诚一如既往，二十年来秀义的儿子们与赖朝的联系不断，结下了很深的情谊。治承四年八月（1180年），源赖朝在伊豆举兵，源平合战开始。佐佐木四兄弟追随赖朝作战，表现十分活跃。在源赖朝领导的初次战斗中，佐佐木三郎盛纲讨取了伊豆守护山木兼隆；而在寿永三年（1184年）的宇治川合战中，四郎高纲受赖朝赐生食马与梶原景季争出先阵的故事至今仍传为佳话。在征战中，佐佐木氏因功受封还近江旧领。以秀义为首的佐佐木一族在内战时期乘乱积极扩张领地，袭取近邻庄园，巩固了自己的地盘。一之谷合战后的元历七月，伊贺的平田家继、伊势的平信兼联合举兵进犯近江。当地的平氏残党也进攻秀义。当时佐佐木四兄弟仍在西国追讨平氏的部队中，由秀义子五郎义清率领部队出战。而秀义以老迈之身亲自出阵并成功的镇压了平氏势力。在激战中，秀义身中流矢，在回去不久后就死去了。源平合战以源氏的胜利而告终。在保元平治之乱时期对源氏一直尽忠的佐佐木家大受封赏。长男定纲领有本家的佐佐木庄，任近江、长门、石见和隐岐守护之职。同家弟兄亦拜领数国的守护职务。其繁盛之态可参见《吾妻镜》中“兄弟五人の间、十七箇国守护职を补せしむ”。另一方面，在源为义没落后转仕平氏的本佐佐木氏，在平氏破落后又转仕赖朝。内乱结束后，本佐佐木成纲在定纲的引领下臣服于赖朝。此后本佐佐木氏担任沙沙贵神社的神官臣从于佐佐木六角氏。

佐佐木秀义死亡后由嫡男定纲继承了主支家脉。定纲在近江勘定土地时得罪了比叡山延历寺而遭流放，后来受赦免并作为幕府重臣表现活跃。元久二年（1205年）定纲病逝，由嫡男广纲继承主支和近江守护之职。与父亲一样，广纲也任在京御家人，后任检非违使、山城守，与朝廷的关系十分密切。承久三年（1221年）五月，后鸟羽上皇乘源实朝死后幕府统治动摇不定之际举兵。执政北条义时向全国发布讨伐令，佐佐木家以广纲父子为首的一族大伴加入了上皇方。东国的武士集团响应幕府的号召，组织了强大的军队上洛。广纲之弟四郎信纲是当时镰仓幕府执政北条义时之婿，因这关系加入了幕府方。而越后守护盛纲的嫡男信实任幕府军北陆道的总指挥，也加入了幕府方。佐佐木一族自相残杀的悲凉一幕就此揭开了。此次号称有“十九万骑”（《吾妻鉴》）参加的合战以幕府军压倒性的胜利而告终。幕府把后鸟羽上皇流放到隐岐岛，对举兵态度消极的顺德和土御门两个上皇也分别被流放到佐渡和土佐（后为阿波）。年仅四岁（虚岁）的仲恭天皇也因是顺德上皇之子被废黜，在九条殿幽囚一生。参加上皇方的武士多数被处斩。佐佐木广纲父子也被同族的信纲亲自斩首。信纲的嫡男重纲在宇治川先阵立功，以武勋代领广纲的近江守护、佐佐木庄地头之职，并加封了许多土地。自此以后佐佐木家的主支就转到了信纲系统。

承久之乱后，佐佐木家当家佐佐木信纲与朝廷交好，宽喜三年（1231年）以近江守护之职加领近江守，并于文历元年（1234年）选为幕府的评定众，御家人的地位有力的得到巩固。信纲有四子。仁智三年（1242年）信纲死后四子将领地分割，新的家族就此衍生。长男重纲为坂田郡大原庄（今山东町）地头，更姓大原氏；次男高信为高岛郡田中乡（今安昙町）朽木庄（今朽木村）地头，更姓高岛氏；三男泰纲继承宗家，领有近江南部六郡（神岐、蒲生、野洲、栗太、甲贺、滋贺），更姓六角氏；四男氏信领有近江北六郡（高岛、伊香、浅井、坂田、犬上、爱智），更姓京极氏。六角与京极两姓是自泰纲和氏信之父信纲在京都的居所六角东洞院、高辻京极院之名而来的。长男重纲不为其父信纲信赖，不得传袭家业。近江守护与佐佐木家家督之为由三男泰纲继承，而领国则由泰纲和氏信各得其半。在这背后的实际原因则是泰纲和氏信之母是执政北条泰时的妹妹，为了限制佐佐木氏势力在近江的扩张，幕府在背后促成了这样的分割。幕府同样也将新分出的三庶子招仕入京。信纲的兄弟则发展为马渕、镜、佐保、伊佐、山中五个庶子家，担任宗家守护代或是被官，辅助宗家。而信纲的子嗣兴起易姓为大原、高岛和京极氏直接与幕府联系交结，这对六角氏对领国的支配是个很大的障碍。其中四男氏信为京极氏之始，在庶子家族中以在京御家人的地位与幕府交往甚深。文永二年（1265年）被任命为引付众，翌年（1266年）升进为评定众。执政北条氏扶植京极氏抑制六角氏势力的扩大，使同族之间势力均衡，幕府的安排使得宗家在幕府内的地位被超越。

十三世纪后半叶的文永、弘安之役后，由于御家人众对幕府封赏的不满，各地的恶党和在地武士的反抗活动逐渐频繁。而在幕府内部，北条得宗、高时等人整日耽于田乐，内管领长崎高资横暴镇压反抗，幕府政治不安定的因素逐渐暴露。以后醍醐天皇为中心的反北条势力曾两度策划倒幕计划，但都因被幕府发觉而遭失败。后醍醐天皇被流放隐岐。后醍醐天皇等人一旦公然举起倒幕旗帜，以近畿和中国地方的武士为首的反北条势力便陆续纷纷而起。战乱日益扩大。大塔宫护良亲王传檄各国追讨幕府。楠木正成和赤松円心亦应诏举兵。元弘三年（1333年）闰二月，后醍醐天皇就由伯耆豪族名和长年等人营救逃出隐岐。西国的反幕势力日益强大。 当时近江守护六角家的家督是泰纲之孙六角时信。泰纲、赖纲和时信都蒙执政北条氏赐字，两家的关系十分亲密。元弘元年（1331年）以延历寺攻略战为标志，内战进一步扩大。元弘三年（1333年），时信在麻耶城攻略战中出战，为幕府方尽忠战死。同年足利高氏（尊氏，1306-1358年）叛变，五月七日，消灭了六波罗探题。与此同时，上野的新田义贞（1302-1338年）率领东国武士团进攻镰仓，于五月二十二日消灭了北条一族。九州地方的守护岛津、大友、少贰等也击败了镰仓幕府的九州探题。镰仓幕府彻底灭亡。当时京极氏的家督是以「ばさら大名」而闻名的佐佐木（京极）导誉。 京极家在幕府内居重职，与得宗家关系很好。当足利高氏在丹波举兵时导誉却转投了高氏一方。这与六角时信在幕府北条得宗家灭亡时的效忠尽节形成了鲜明的对照。有先见之明的导誉在足利尊氏身边表现得十分活跃，建武政权建立后与宗主家的六角时信同为杂诉决断所的奉行。建武五年（1338年）尊氏开创室町幕府，导誉受领近江守护之职。做为宗主家的六角氏被庶子家的京极氏夺去了近江守护的职位，是一个非常大的冲击。但是导誉的近江守护一职仅半年就由六角家接任了。因为自从镰仓时代以来，近江国内六角氏的统治十分强固，导誉就任守护为六角氏的被官们强烈的反抗。此后六角家的家督由时信之子氏赖继任，氏赖领近江守护一职加入幕府军征讨四方。贞和四年（1348年）发动对南朝吉野御所的攻击，平定内战渐渐有了希望。观应元年（1350年），足利直义与高师直对立，史称观应之乱。后来一度和睦的两阵营于次年再度势成水火。在双方之间举棋不定的六角氏赖突然在高野山出家。与父亲六角时信有着相近性格的氏赖最终对与幕府反复对立的状况失去了耐性。氏赖匿迹后他年仅两岁的儿子千寿丸出继家督，由弟弟山内定诠（信诠）辅佐。尊氏派与直义派在近江国地域内展开激战，作为后者主力的六角直纲与山内定诠表现十分活跃。随着直义向镰仓的败走，近江国直义派的支持者也分流四散了。文和元年（1352年）足利直义被毒杀，内战宣告终结。文和三年（1354年），出家为僧的六角氏赖（崇永）还俗，再领近江守护。以后氏赖在幕府里占据了重要的地位，并收整了近江国内的混乱局面。应安三年（1370年）六月，四十四岁的氏赖病殁，即为死后被称为「天下の衰微第一なり」（《后愚昧记》）的英主。

六角氏赖死后由嫡子义信（千寿丸）继任 家督。但义信却是贞治四年（1365年）过早的去世了。氏赖曾将京极高秀之子高诠迎为养子，而高诠正是导誉之孙。应安二年（1369年），氏赖的儿子出世，名为龟寿丸，后名满高。心忧着家位承继的纷争，氏赖第二年死去了。氏赖死后，后继者的问题自然浮现了。幕府以龟寿丸（六角满高）尚未成年为由而令高诠继任家督。永和三年（1377年）九月幕府解除了高诠的近江守护职务并将其从六角家放逐。当时幕府管领细川赖之与前管领斯波义将之间的权力斗争非常激烈，斯波派的京极家被细川赖之压抑，并进一步将高诠追放出六角家。以满高取而代之，成为六角家的家督。 另一方面，随着幕府内的权力斗争的激化，康历元年（1376年）斯波义将等人协助将军足利义满驱逐了细川赖之。此后幕府的实权落入了义满手里，将军的权力得到强化，抑制地方守护的权力的法令也相应颁布。当主还年幼的六角家进入了苦难重重的时期。足利义满的「半済地の寺社本所への返还」、「山门使节への遵行権付与」政策给近江造成了极大的影响。六角氏是以将半济地授予被官化了的在地武士作为统治手段的，而义满的政策则破坏了这种关系。而且，作为从镰仓时代就一直与六角氏呈对立态势的山门延历寺被幕府给予了同等的权利，这是对六角氏的一个很大的冲击。六角氏拒绝遵从幕府的指令并全领对抗，态度十分的强硬。对此，幕府派布了以京极氏为首的奉行众以「使节遵行」之称于六角氏对抗。后来在幕府、京极氏、奉公众和山门等的压力下，六角氏支配的领地被缩减。足利义满压制守护权力的政策为其子义持继续执行。应永十七年（1410年），六角满高因受飞騨国司谋反的牵连被解除了近江守护的职务。虽然三年后满高再次担任近江守护，此后幕府和六角氏的关系就冷淡下来。幕府和六角氏关系的转机是在足利义教就职将军之后。义教为了恢复渐渐衰微的将军权力而采用了强硬的政策。幕府对反抗的山门施以武力镇压，并杀掉了来表示降伏的山门使节以示严厉的态度。在动乱中，义教任命六角氏和京极氏为“山门领押使”，负责侵略近江国内延历寺的领地。六角家自家督满高死后由嫡子满纲继任。满纲抓住对山门领地的合法侵占的机会强化自己的领地。除了对山门领的侵略，满纲的手也伸向了原属国内寺院的领地。正当满纲的野心计划顺利发展时，嘉吉元年（1441年）足利义教被暗杀，形势极转直下。义教死后两月，历史上规模最大的嘉吉土一揆暴动，满纲焚毁了京都的家宅并逃回近江。据《建内记》，土一揆蜂起是由于六角满纲及其部下对其领地的侵略所致，满纲的近江守护之职旋即被解除。满纲之后由嫡子持纲继任家督。但持纲并没有得到被官人的支持，文安元年（1444年）发生了被官人领导的一揆暴动，持纲被迫逃往大原。此后事态逐渐好转。不久以持纲的弟弟时纲为盟主的被官集团与满纲、持纲父子集团之间的战争开始了。最后以饭高山为基地的时纲一方获胜，满纲和持纲父子战败切腹自尽。在此期间，幕府一直持静观的态度。文安三年（1446年），幕府突然指令在相国寺出家为僧的六角久赖（时纲的弟弟）还俗继任六角氏的家督。同年八月发布了讨伐时纲的命令。久赖的军队在京极持清援军的协助下取得了胜利。战后时纲自杀，近江一国就此平定。自文安元年直到内乱终结，六角氏一族的满纲、持纲和时纲之间的纷争导致了被官的分裂，六角家与被官的关系逐渐弱化了。在平定内领的时候借助了京极家的力量，无疑给他们插入近江的支配打开了门路。此后，六角家和京极家的对立矛盾愈加激化。

文安年间的内乱被六角久赖镇压下去了，但近江的支配制度仍然是个尚待解决的问题。这时守护代伊庭满隆出现了。在内乱纷扰的领国支配体制下，被官的分裂虽为必然，但这与被官的代表伊庭氏的推动是不可分割的。以前在地地头们是由守护直接下书命令的，却是伊庭满隆下达的命令才能生效了。另一方面，幕府默许的京极家对守护六角氏的施行权同样有很大的干涉。因镇压内乱有功的京极氏摆脱了庶子的地位。对领国的支配受到种种干涉的久赖却无力抵御，两家的对立日益深化。康正二年，六角久赖自杀了。这就是“两家确执” 的局面形成的原因。久赖以他的死来结束了他深深的苦恼。

应仁时期的六角氏

随着与京极氏对立的持久化，六角家不得不直面其危机了。久赖死后，在被官的拥立下年幼的嫡子龟寿丸继承了家督之位。当时的事态一如百余年前观应之乱时期六角氏赖出家后以二岁的千寿丸继任家督的旧事一般。后来以同族的山内定诠为千寿丸的辅佐而摆脱了危机。仿照往例，定诠的后裔山内政纲被任命辅佐龟寿丸。两年后的长禄二年（1458年），龟寿丸突然被解除了近江守护的职务，而由六角氏家督的表兄弟政尧继任。政尧正是在文安内乱中自杀的六角时纲之子。这一突然的解任，明显是幕府希望抑制被官的势力，安定近江的手段。深为幕府期待的政尧于两年后的长禄四年（1460年）制造了守护代伊庭满隆之子被杀的事件。近江国的实权掌握者伊庭氏的实力被削弱了，而将军足利义政误听谗言，政尧不得不在京都大原地方剃发出逃。由龟寿丸再度继任家督。近江混乱不堪的时候，室町幕府内部的政权亦十分混乱。不满室町幕府的守护大名们与政权中枢各自勾结，三管领各为有力的守护所支持。足利义教死后，细川、畠山、山名等家族纷纷争夺权力，分成了不同的派阀并干涉其他守护大名家乃至将军家的继承问题。深为家督继承问题困扰的六角氏也趟进了幕府内权力争伐的浑水。细川胜元与山名持丰（宗全）两大势力的对立成为了纷乱的核心。在其下的管领斯波与畠山两氏也争斗频繁，围绕着将军义政的后继者之争愈演愈烈，京都处于战火一触即发的危急状态。应仁元年（1467年）一月十八日，畠山政长与义就之间的合战引燃了战火。自此应仁之乱迅速扩大到各地，全国分为了以细川方为首的东军和以山名方为首的西军的对垒大战。近江一地的京极家参加了东军，而六角家则加入了西军。六角家当时的家督龟寿丸还年幼，便由辅佐的山内政纲与伊庭贞隆领军出战。山内政纲和伊庭贞隆分别在京都和近江两地的合战中失利。应仁二年（1468年）十一月，京极氏与六角政尧的联军攻破了六角氏的本城观音寺城。在东军拥立的将军足利义政的支持下，龟寿丸被解除了近江守护一职，政尧再度成为近江守护。

次年即文明元年（1469年），京极持清代替六角政尧出任近江守护。庶子家的京极氏任近江守护是自佐佐木导誉补任以来的外例，深受冲击的龟寿丸和山内政纲以后为了夺回领国而在近江起兵死斗。六角龟寿丸对近江的攻略围绕着观音寺城展开。在京极持清的强力守护代多贺高忠的压制下，六角军屡屡战败。然而仿佛是命运是嘲弄，名将京极持清于次年急病遽逝。文明二年（1470年），持清之子胜秀在家督继承的争夺中失势，京极家一分为二。结果是造就了六角家，六角氏完成了近江的重占，势力又发展起来。文明三年（1471年）东军扶持的幕府再度任命六角政尧为近江守护，指令其攻入近江。此时已经元服的龟寿丸更名行高，率领六角氏一族进行了有力的抗击。一个月后，政尧战败自杀。政尧的战死令幕府极端的愤恨，遂于文明四年（1472年）再度发动了由京极政高家臣多贺高忠指挥的近江攻略。高忠从近江北部攻入并取得了一定的战果，却在南下时受到隶属西军的美浓齐藤妙椿的阻击而败走。就这样，东军幕府对近江的侵入再次以失败而告终。六角氏对领国的支配欲望是强烈的。幕府与六角氏的和平交涉是艰难的。随着交涉的再次决裂，幕府决定再度发动对近江的攻略。近江守护的职务在政尧死后由六角虎夜叉继承，同时命令京极政高讨伐六角行高。文明七年（1475年），政高自领国出云远征，集结延历寺徒众发动了对近江的攻略，与六角氏的决战拉开了序幕。战斗在观音寺城下展开，六角行高身先士卒率军奋战。初战以六角氏“俘虏数百人，斩获百余级”的败北而告终，观音寺立刻陷入了笼城而战的境地。正当行高自觉命数已绝之时，过去数度助他的命运之神又再度眷顾。次月西军的援军在土岐成赖和斯波义廉的率领下抵达了。西军乘机发动反击，东军全线崩溃，幕府军被逐出了近江。此后六角行高在近江的支配权确立。文明九年（1477年），应仁之乱终结了。乘战乱之机确立了近江霸权的六角行高于文明十年（1478年）受幕府任命为近江守护。行高自应仁二年（1468年）以来第三度出任守护之职，凭借自己的实力从京极氏和幕府那里夺回了近江守护的职位。相对的却是京极氏，自那以后内乱频扰，失去了与六角氏对抗的力量。

自应仁之乱结束后六角高赖（行高）在十一年的时间内在近江建立了牢固的统治。高赖对幕府表示顺从，幕府也再度将高赖任命为近江守护，双方的关系逐渐缓和下来。虽然理念不同，必要的关系还是建立了起来。补任守护后京都的幕府下达的指令，高赖却并没有完全执行。如幕府最重视的要求归还寺社领地的命令高赖就没有理睬。考虑到与被官的关系，高赖有条件的返还了被官们被没收的土地以求得他们的支持。随着六角氏势力的扩张，不仅是寺社的领地被没收，连将军直属的奉公众们的领地也被波及了。近江多数奉公众的领地都被收编，甚至还出现了奉公众因为失去领地而被饿死的情况。将军的直臣奉公众们都被迫害到了这个地步，迫使幕府下定了决心，将军足利义尚遂决定亲征近江。长享元年（1487年）九月二十日，足利义尚指挥的六角讨伐军向近江进发。将军全装惯带出征的样子让从没见识过的京都人围观，其势之大甚至添满了大路。而实际上随从出征的仅是近卫的数千名奉公众，各地有力的大名们参战是在数日后了。二十日，在坂本布阵的义尚军势开始移动。六角高赖则为避免与幕府军直接对决而移兵甲贺郡。探知消息的义尚则从坂本移兵至栗太郡安养寺布阵，并袭入甲贺郡各地纵火。当地的六角势被迫逃离。定要讨伐高赖的义尚在真宝馆布阵，并建造御所准备长期作战。在对六角氏的征伐毫无成果的度过了一年半后，并不适应军旅生活的义尚心忧成疾。延德元年（1489年）三月，虚岁二十五岁的义尚病逝。将军死后幕府军不战自溃，无奈的幕府不得不赦免了高赖。承允归还寺社领地的高赖与幕府达成了和平的意愿。但义尚的后继者将军足利义材以高赖违抗幕府的命令为由，任命细川政元为近江守护，于延德三年（1491年）八月发动了第二次六角征讨战。事前得到情报的六角军与前次一样引敌回避致甲贺郡，避免与幕府军的正面对决。制压了近江一国后义材将其作为御料领地，委任亲信支配近江。六角军在与幕府军的长期争战中日益疲敝，重臣山内政纲被谋杀。明应元年（1492年）在爱知川筑濑河原六角军大败，战况急转直下。足利义材成功的制压了近江，幕府奉公众侵夺了寺社的本领，留任六角虎千代为近江守护后幕府军凯旋了。义材回复了一度失去的将军权力，感到十分得意。而对于六角高赖的存在和六角征伐是否完全达成没有更多的思虑就班师了。明应二年（1493年），意气满满的义材出阵河内讨伐畠山氏。不希望看到将军权力扩大的管领细川政元留守京都，并阴谋策划拥立足利义澄为将军，远离京都的义材被追放。命运再一次青睐了高赖一方。蓄势已久的高赖重又占据了近江部分地区，并攻取了金刚寺城。细川政元以山内就纲接替了六角虎千代的近江守护之职，负责近江制压。明应三年（1494年）十月，山内就纲在延历寺的支持下侵入近江，击破了高赖防御的金刚寺城。次月，高赖在美浓守护齐藤利国（持是院妙纯）的支援下开始了反攻，将就纲和延历寺的势力驱除了出去。高赖完全占领了原来的领地，幕府的六角征伐彻底的失败了。明应四年（1495年），高赖再度就任近江守护，自他少时以来近三十年与幕府的争战终告结束。此后高赖的地位逐渐稳固。

有力抗击了两次六角征伐的六角高赖踏上了对领国强力支配的战国大名之路。然而有一个巨大的威胁仍未消除，有力家臣伊庭贞隆威胁着六角氏的统治。自应仁之乱以来，以六角高赖为家督的六角氏内部勉强维持着山内与伊庭两大家臣团的均力局面，但自第二次六角征伐时山内政纲阵亡后，权力就集中到了伊庭氏的手上。伊庭贞隆成为了匹敌高赖势力的危险之所在。文龟二年（1502年）十月，第一次伊庭之乱发生了。在伊庭氏的内通势力协助下高赖成功的排除了贞隆的势力。战败后贞隆自琵琶湖西方向逃出，得到幕府管领细川政元的强力支援后伊庭贞隆发动反击，形式一度逆转。青地城、马渊城和永原城相继陷落，高赖舍弃观音寺城，逃往蒲生贞秀所领的音羽城暂守。文龟三年（1503年），经细川政元的被官赤沢朝赖斡旋，陷入不利境地的高赖被迫与政元讲和。战争终于结束了。高赖深深感受到不早除去贞隆而引发的战争之害。

不久后中央政局大乱。永正四年（1507年），管领细川政元被暗杀。永正五年（1508年），正当政元的后继者忙着闹内杠的时候，以前被政元追放的前将军足利义材在大内氏的支持下上洛，并夺回了将军之职。失去庇护的足利义澄逃到近江后受到了伊庭贞隆的保护。远离战乱的近江发生了政变，高赖与贞隆的对立再次激化。在这次争斗中高赖隶属义材派。永正八年（1511年），义澄死于冈山城。翌月，贞隆的家臣冈山城主九里备前守为高赖所杀。永正十一年（1514年）二月，第二次伊庭之乱开始。伊庭贞隆、贞说父子出奔琵琶湖北，得到了当时京极氏内强力的势力浅井氏的支持。这次战乱长达六年。自贞隆第一次为细川氏所援护开始直到永正十七年（1520年）八月，冈山城陷落为止，内战才告终结。在六角氏战国大名化的障碍最终被除去的两个月后，六角高赖亡故。嫡子氏纲于永正十五年（1518）先逝，遂以次子六角定赖继承家督之位。六角氏迎来了新的时代。当时京都政局极度混乱，控制了近江北郡的浅井亮政也想染指南郡。定赖就任近江守护后对两方的情况都十分关注。京都方面足利义材（义稙）一系的足利义晴被拥立后，与义晴对立的三好长庆逃入了近江。定赖遂与细川晴元联手协助义晴与三好势作战。义晴病逝后定赖援护其子义辉，在中央政权的影响占统治性的地位。与此同时，频频发动对浅井氏的攻势。大永五年（1525年）包围小谷城，亮政被迫逃往美浓；享禄四年（1531年）、天文七年（1538年），与琵琶湖北岸击破浅井军势。定赖巧妙的打破了与三好氏和浅井氏两面对敌的状况，并以对中央政权的参与谋划名震天下。不仅保卫了京都的安定，也迫使浅井氏不得不暂时屈服。天文二十一年（1552年）一月，功成名就的定赖亡故，享年五十八岁。

定赖死后，嫡子六角义贤继任家督。在定赖死后义贤转换了方针。他先与三好氏达成和议，将注意力集中到六角氏的夙敌浅井氏。天文二十二年（1553年）迫使浅井氏臣服。当时浅井氏的家督是亮政之子久政，抵御不住义贤攻击后久政被迫以其子长政迎娶六角家重臣平井加贺守之女为条件达成和议，降伏于六角家。在六角·三好和议成立后，很长一段时间内近江与将军足利义辉所领的京都都风平浪静。而突然间风云变色了——随着继位时间尚短的义贤采取的不利措施，情势急转直下。在战国乱世的波涛中，近江也卷入了动乱。永禄年间江北浅井家家督久政让位与其子长政隐居后，长政即刻从六角家独立了出去。义贤于永禄三年(1560年)发动两万大军进攻浅井长政，在野良川被长政奇袭而大败，因此承祯将家督的地位让与素有战功的儿子六角义治而出家，并改名为六角承祯。义治素有战功，由于反对父亲的独断式攻略政策而单独与美浓的斋藤氏结盟，与六角家有亲密往来的土岐和朝仓为敌。在京都方面又与足利义辉为盟友，与三好长庆敌对。六角家的外交陷入了一片混乱。在危机时刻，令六角氏权威尽失的事件发生了，世称“观音寺骚动”。永禄六年（1563年）十月一日，以六角义治的重臣后藤但马守父子三人被谋杀的事件为肇始，招致永田、三上、池田、进藤和平井等重臣纷纷反叛。看到事态无法控制的六角承祯（义贤）和义治父子放弃观音寺城而寻求三云与蒲生氏的扶持。自此曾占近江绝对支配地位的六角氏的权力一落千丈，其领地纷纷为被官们联合起来瓜分殆尽。义弼感到混乱的对外关系已经影响到了国内的统治，本欲结束这一局面而将有实力与当主家抗衡的后藤氏排除掉。谁知却招致了家臣的集体反叛，实在是最坏的结果了。“观音寺骚动”最终以蒲生定秀的调停而告终，但六角氏对领国的支配发生了彻底的动摇。

此后，在与浅井氏的战争进一步失利的情况下，为了解决六角家对领国控制的危机，于永禄十年（1567年）制订了有名的《六角氏式目》。式目是承祯、义治父子与二十名有力的家臣起誓同遵条例的起请文。与同时代其它国领完全不同的，《六角氏式目》实质上是六角家当主与家臣相互制约权力的约定，家臣团的权益有了有力的保障。六角家的终结最终到来了。永禄十一年（1568年），织田信长奉足利义昭之名开始了他的上洛之征。针对承祯和义治父子集结兵力一举，信长联合六角氏的宿敌浅井氏展开会战。六角父子以观音寺为中心召集各地支城的军力以笼城战来抗击信长。由于支城家臣的动摇，一天之内两座城池失守，六角父子逃往甲贺，战斗暂告一个段落。承祯、义治父子打算采用当年六角征伐之际六角高赖使用的战法，即舍弃观音寺城而在甲贺进行游击战。但此时的情况已与高赖那时大不相同了。虽然此后六角父子仍对信长顽强抵抗，并发起军事行动以图再兴六角家，但随着元龟三年（1572年）鲶江城的陷落，近江守护六角氏最终退出了历史的舞台。