全书从
唐文宗开成三年六月十三日（公元838年7月2日）开始写起，从日本
博多湾登船出发，一直写到
唐宣宗大中元年十二月十四日（公元848年1月23日）从中国回转日本
博多，前后历时九年七个月。全书虽然不是逐日记载，但是基本上按日程分列，总共597篇（也有人认为是595篇），总计八万多字，分为四卷。
圆仁《入唐求法巡礼行记》手泽本原藏
京都延历寺，失传已久。但是《入唐求法巡礼行记》写成之后，曾经广为流传。关于《入唐求法巡礼行记》一书个文献记载，最早要算《慈觉大师传》，《慈觉大师传》书写关于圆仁和尚示寂后49年，《慈觉大师传》里明确写明：“入唐事迹，一依本记”。另外，
宋神宗熙宁五年（公元1072年）来中国的日本僧人成寻之《
参天台五台山记》，成寻在“延久四年十月十四日”该篇记载向宋神宗献礼品辰光，提到：“觉大师巡礼记三卷依次进上，至巡礼记第四卷隐藏不进上，依思会昌天子恶事也。”由此可见，《入唐求法巡礼行记》当时是作为国礼呈送，而且成书之初即为四卷。（成寻之所以囥脱第四卷，是因为第四卷中涉及
唐武宗“
会昌毁佛”之恶事，里向交关愤恨之辞。）后来一直到
镰仓幕府时期（公元1192-1333年）《入唐求法巡礼行记》的抄本仍在僧俗间流传。但此后长达五个多世纪里默默无闻。明治十六年（公元1883年）以后，
三上参次博士等在调查京都东寺观智院所藏文献之时，重新发现在
伏见天皇正应四年（
公元1291年）长乐寺老僧手抄个《入唐求法巡礼行记》古抄本。该一发现震动日本朝野，明治三十六年（公元1903年），作为留存秘库之该书为最古抄本，《入唐求法巡礼行记》被尊为国宝。
大正七年（公元1918年），该书被收进
佛教刊行会出版的《大日本佛教全书》《游方传丛书》当中。